Mystic Messenger 3 - Disappeared

"Det er som om tiden prøver at dræbe mig"
"Det er som om noget er forandret"
"Det er som om vi glider væk fra hinanden"

To måneder er gået, livet er som altid. Bare med få ændringerne. Suzume og Haru skriver stadig sammen og mødes. Suzume prøver at vænne sig til hendes bedste ven nu er hendes kæreste. Haru nyder sin frihed fra sine forældre. Alina? Hun er som sunket i jorden og prøver at håndtere hendes sorg denne gang kommer ingen ind. Men den hemmelige krig forsætter og flere gamle kriger træder frem fra deres gemmested.