2006-07 sezonunda ise El Clásico derbisinde hat-trick yaptı ve 26 lig maçında 14 gol atarak verimli bir performans sergiledi. Messi, 2008-09 sezonunda kariyerindeki en iyi sezonunu yaşadı. Sezon boyunca 38 gol attı ve altı kupa birden kazandı. 2009-10 sezonunda bütün turnuvalarda 47 gol atarak Ronaldo'nun rekorunu egale etti. 2010-11 sezonunda ise bu rekoru 53 golle kırdı.
Çeyrek final rövanş maçında da Milan'a karşı iki gol atarak José Altafini'nin Şampiyonlar Ligi'nde (Şampiyon Kulüpler Kupası adıyla da dâhil olmak üzere) bir sezonda attığı 14 gollük rekoru da egale etmiş oldu ve Şampiyonlar Ligi adıyla ise 2002-03 sezonunda 12 gol atan Ruud van Nistelrooy'un da rekorunu kırdı.Messi, o sezon turnuvayı 14 golle gol kralı olarak tamamladı ve bu turnuvada üst üste dört kez gol kralı olmayı başaran tek futbolcu oldu.2011-12 sezonunda tüm turnuvalar dâhil olmak üzere 73 gol attı ve dünya rekorunu da kırmış oldu. Aynı sezon La Liga'da 50 gol atarak önceki sezon ligde Cristiano Ronaldo'nun attığı 40 golün de rekorunu kırmış oldu.
