Nhiệm vụ của Elian và Mira nhằm khám phá sự thật về vai trò của The Ancients trong lời tiên tri đã đưa họ vào con đường nguy hiểm. Họ đã phát hiện ra những hiện vật và di vật cổ xưa, nhưng với mỗi phát hiện mới, họ càng đặt ra nhiều câu hỏi hơn. Thế giới đang dần sáng tỏ trước mắt họ và họ bất lực trong việc ngăn chặn nó.
Trong bóng tối, ma thuật đen tối của Lyra Moonwhisper tiếp tục lan rộng, làm tha hóa vùng đất và bóp méo cấu trúc của thực tế. Sức mạnh của cô ngày càng tăng và Elian biết rằng nếu không ngăn chặn, cô sẽ phá hủy mọi thứ họ yêu quý.
Trong khi đó, lời nói của Aria vang vọng trong tâm trí Elian: "Sự cân bằng phải được lập lại". Nhưng bằng cách nào? Celestial Sphere, từng được cho là chìa khóa để khôi phục lại sự cân bằng, giờ đây dường như là một niềm hy vọng thoáng qua. Sức mạnh của cổ vật là rất lớn nhưng bí mật của nó vẫn khó nắm bắt.
Khi thế giới rơi vào hỗn loạn, Elian và những người bạn đồng hành của anh thấy mình bị trói buộc giữa nhiệm vụ bảo vệ Eridoria và sự sống còn của chính họ. Họ biết rằng họ không thể một mình đánh bại Lyra, nhưng họ cũng biết rằng họ không thể từ bỏ nhiệm vụ của mình.
Trong cơn tuyệt vọng, Elian quay sang những giống loài cổ xưa, tìm kiếm sự hướng dẫn từ những sinh vật thông thái và bí ẩn, những người đã định hình số phận của Eridoria. Họ tiết lộ với anh rằng ý định thực sự của The Architect không phải là tạo ra một thế giới cân bằng mà là một thế giới nghịch lý - một thế giới nơi ánh sáng và bóng tối cùng tồn tại trong sự hòa hợp vĩnh cửu.
Nhưng làm thế nào điều này có thể đạt được? Elian biết rằng bóng tối của Lyra đã bao trùm thế giới quá nhiều. Cơ cấu thực tế đang dần sáng tỏ và thời gian không còn nhiều nữa.
Với trái tim nặng trĩu, Elian và những người bạn đồng hành của mình bắt đầu nhiệm vụ cuối cùng - tìm ra mảnh ghép cuối cùng và khôi phục lại sự cân bằng cho Eridoria trước khi quá muộn. Họ băng qua những vùng đất hiểm trở, chiến đấu với những sinh vật đáng sợ và đối mặt với những thử thách lớn nhất từ trước đến nay.
Chưa hết, ngay cả khi họ chiến đấu để giải cứu thế giới, Elian không thể thoát khỏi cảm giác rằng họ chỉ là những con rối trong một trò chơi lớn hơn chính họ rất nhiều. Trong ý định thực sự của The Ancients, anh tự hỏi liệu họ có phải chỉ là những con tốt trong một kế hoạch lớn hay không.
Elian và những người bạn đồng hành của anh, mệt mỏi vì vô số trận chiến và những chuyến du hành bất tận, thấy mình đang phải vật lộn để hiểu được thực tế mới này. Trước đây họ đã phải đối mặt với nhiều nguy hiểm, nhưng không gì có thể giúp họ chuẩn bị cho cảm giác sợ hãi đang lan dần khắp vùng đất.
Khi tiếp tục hành trình, họ phát hiện ra rằng bóng tối lan rộng trên bầu trời không chỉ là hiện tượng của bầu khí quyển - nó là biểu hiện cho sức mạnh ngày càng tăng của Lyra. Ma thuật hắc ám của cô đang bóp méo kết cấu của thực tế, khiến cho số phận bị tháo rời và để lại sự hỗn loạn sau đó.
Các mô hình từng có trật tự của các thiên thể phía trên bắt đầu vặn xoắn và biến dạng, như thể chính các ngôi sao đang bị thao túng bởi một thế lực vô hình nào đó. Những sao chổi lóe sáng trên bầu trời, những vệt sáng của chúng tỏa ra ánh sáng từ thế giới khác dường như tự nó phát ra một nguồn năng lượng.
