La paz se hace añicos cuando algunos mundos coloniales son atacados inesperadamente. Y cuando el héroe más grande de la humanidad se va, el Spartan Locke obtiene la tarea de cazar al Jefe Maestro y resolver un misterio que amenaza a toda la galaxia.
Una música de piano se oye en el consultorio de la doctora Catherine Halsey, en una base subterránea de la ONI en Reach, mientras observa a unaCortana sonriendo justo antes de que la transfiera a una matriz blindada.
El Equipo de Asalto Osiris abordo de un Pelican, es desplegado por ordenes de laUNSC Infinity a la superficie deKamchatka con el objetivo de recuperar y extraer a Halsey de las fuerzas de Jul 'Mdama, debido a que ella asegura tener información vital sobre una serie de ataques Forerunner en colonias humanas. Al ser desplegados a las coordenadas de Halsey, se encuentran que el Covenant está bajo ataque de sus propias fuerzas de Prometeos, que se han convertido inexplicablemente en contra de ellos, lo que ha debilitado el mando de 'Mdama en el Covenant. Después de luchar a través de las fuerzas del Covenant y de Prometeos, Osiris prepara una emboscada a 'Mdama y sus guardias, donde Locke finalmente acaba con la vida del líder supremo del Covenant y junto a su equipo ponen a salvo a Halsey. Al llegar a la Infinity, Halsey se dirige al Capitán Lasky y le pregunta "lo lejos que ha ido", a la confusión de Osiris.
Mientras tanto, el Jefe Maestro aún dolido por la perdida de Cortana, junto al Equipo Azul son enviados a la posición de una nave de investigación de la ONI, llamadaArgent Moon, para abordarla y asegurarla de las fuerzas del Covenant quienes la están despojando de sus piezas importantes para su beneficio. Durante la lucha en contra de los carroñeros del Covenant, el Jefe Maestro experimenta una visión de Cortana quien le dice que: "el Dominio está abierto, sigue Meridian " Cuando el Jefe despierta, es encontrado por su equipo, quienes le interrogan sobre lo que sucedió.Sin embargo, él y el Equipo Azul deciden continuar la misión, pero se ven obligados a destruir el Argent Moon, antes que cederla a toda una flota del Covenant en aproximación. El Equipo Azul localiza el reactor de la nave para sobrecargarlo, y luego huir a bordo de un merodeador experimental de la ONI. El Jefe Maestro decide dirigirse a Meridian en contra de las órdenes de la Infinity, con la esperanza de llegar antes que cualquier otro equipo de la UNSC para investigar si Cortana realmente sigue viva.
A bordo de la Infinity, Halsey revela que Cortana ha accedido de alguna manera al Dominio, una red galáctica que abarca un sin numero de conocimientos acerca de los Forerunner. Preocupada de que Cortana esté manipulando al Jefe Maestro, Osiris es enviado a localizar al Equipo Azul con la orden de traerlos de vuelta, utilizando la fuerza en caso de ser necesario para neutralizarlos. Al llegar a Meridian, descienden por medio delascensor espacial del planeta,y se ponen en contacto con el gobernador Sloan, que a regañadientes acepta la presencia de los Spartans a cambio de ayuda contra las fuerzas de Prometeos que atacan a los colonos. Con el apoyo de las fuerzas de seguridad de Liang Dortmund Corporation, Osiris mantiene ocupados a los Prometeos el tiempo suficiente para que los colonos puedan llegar a un lugar seguro. Al llegar a la Estación Meridian descubren que el gobernador Sloan es en realidad una IA en plena rampancia mientra que recogen información de la posible ubicación del Jefe Maestro y su equipo en un lugar llamado Apogee. El Gobernador Sloan se encarga de preparar un Pelican para llevarlos a Apogee, donde encuentran que el Prowler del Equipo Azul ya ha descendido en el planeta, aparentemente sin oposición alguna de las fuerzas Prometeas. Osiris avanza, luchando a través de más fuerzas de Prometeos, incluyendo el Warden Eternal, que se presenta como el siervo y protector de Cortana y que trata de evitar que Osiris intercepte al Equipo Azul. Luego de derrotar al Warden, Osiris y Equipo Azul se mueven a través de una serie de portales para tratar de llegar al Guardián. Siendo Locke el único miembro de Osiris que es capaz de llegar hasta Equipo Azul, intenta detenerlos pero estos se marchan debido a las ordenes que les dio John en ese momento, Locke al igual intenta detener la Jefe amenazándolo por lo que se inicia un combate cuerpo a cuerpo entre los dos spartans. Locke es derrotado después de dañar el visor del casco del Jefe Maestro, quien lo neutralizó con su propio bloqueo de armadura, permitiendo al Equipo Azul abordar el Guardián que despierta y comienza su secuencia Desliespacial, devastando Meridian con ondas de choque EMP. Durante esto, el Gobernador Sloan revela que Cortana había contactado con él antes, lo que le permite evacuar como gran parte de la población fuera del planeta, y que además tiene la intención de reunirse con su "nuevo amanecer". Este finalmente desaparece durante la evacuación, mientras que Osiris intenta subir al ascensor espacial para llegar a su Pelican, quienes lo logran pero con gran dificultad. A bordo de Infinity, Halsey deduce que hay otro Guardián aún dormido que se encuentra debajo de la superficie deSunaion en Sanghelios. Además, Rolandse da cuenta de que el sonido distintivo que el Guardián desprendía durante su activación era en realidad un conjunto de coordenadas desliespaciales, y que si pueden llegar y activar el Guardián de Sanghelios, puede que logren seguir al Equipo Azul hasta su destino. El Capitán Lasky espera que Osiris puede tomar un paseo a bordo del mismo para llegar a la ubicación del Equipo Azul, pero tiene dudas de involucrar al Consejo de Seguridad en la guerra civil de Sanghelios.
