3. haçlı seferi sırasında (1189-1192) kutsal topraklar savaşın tozu içindedir. Büyük komutan Selahaddin Eyyubi hazretleri Kudüs' ü elinde tutmaktadır. Aslan yürekli Richard ise Kudüs' ü diğer haçlı ordularıyla kuşatmıştır. El Tahir, arkadaşları olan Malik ve Kadar kardeşler ile birlikte El Muallim tarafından, Süleyman' ın Tapınağı' ndaki tünellerde, tapınak şovalyelerinin de aradığı çok eski bir eşyayı ele geçirmekle görevlendirilir. Ölülerin gömüldüğü yeraltı tünellerinden geçtikten sonra El Tahir, topluluk ilkelerinden 2 tanesini bozar çünkü katillikteki ustalığına çok güvenmiştir. Kendi topluluğunun büyük düşmanı Robert De Sable' yi gördüğünde tapınakçıların en büyüğü olan bu adamı öldürmeye yeltenir ama kolayca buna karşı çıkan Robert, El Tahir' i tapınaktan dışarı atar ve Malik - Kadar kardeşleri de alıkoyar. Masyaf' a döndükten sonra olanları El Muallim' e anlatır. Ardından Malik sol kolu kesilmiş ve sağ elinde eşyayla geri gelir, El Tahir' i de iyice azarlamayı ihmal etmez.Ama daha hiç bir şey yapamadan tapınakçılar Masyaf' a saldırır. Köyü alırlar ve kaleyi kuşatırlar. El Tahir kalenin savunmasını üstlenir. Tapınakçı ordusundan sızarak arkalarına geçer ve ordunun üzerine ağaç kütüklerinden oluşan bir sel gönderir, böylece ordu yok olur. Saldırı sona erdiğinde, El Tahir' in yaptıkları yine karşısındadır. El Tahir, bu önemli görevde 1 ve 3 numaralı kuralı çiğnemiş geri dönüşünde ise tapınakçıların onu takip etmesiyle saklandıkları yere istemeden getirmiş ve böylece 2 numaralı kuralı da çiğneyerek bütün kuralları bozmuştur. İnançlarına ihanet ettiği varsayılarak, hain ilan edilir. El Muallim bütün topluluğun gözü önünde onu yargılar ve karnından bıçaklar. El Tahir, "ölüm uykusundan" uyandığında El Muallim' e ne olduğunu sorduğunda, "El Muallim ne istediyse, El Tahir onu gördü" diye cevaplar. Rütbesi ve bütün silahları elinden alınan El Tahir'e bir kurtuluş yolu sunulur. Masyaf' a girişi tapınakçılar için açan kişiyi bulursa ki bulur, döndüğünde kılıcını ve gizli bıçağını El Muallim' den alır . Bir kere daha topluluğa resmi olarak kabul edilen El Tahir, kendi canıı karşılıgında 9 can alması istenir. Hedeflerini teker teker öldüren El Tahir, silahlarıyla birlikte rütbesini de geri kazanır. El Tahir, 6. hedefinden sonra El Muallim' e öldürdüğü kişilerin, Muallim ile ne alakası olduğunu sorduğunda Malik' in getirdiği tapınak hazinesinin insanları kontrol etmeye yarayan bir alet olduğunu ve bu 9 kişinin bu hazineyi korumaya yardım ettiğini öğrenir. 9 canı oyun boyunca alır. El Tahir, 9. hedefi olan Robert de Sable' yi öldürürken, El Muallim' in de aslında bir tapınakçı olduğunu ve kendisinin "Elma" yı bulmak için kullanılan bir piyondan başka bir şey olmadığını öğrenir. Masyaf' a geri dönen El Tahir, insanların bir tür hipnotik transa girdiklerini farkeder. Kaleye girince, Elmanın gücüyle kendinden geçmiş dostlarından çoğuyla savaşmak zorunda kalır. Tam yakalanıp öldürülecekken, Malik ve "Elma" dan etkilenmemiş birkaç assassin dostu daha El Tahir' in yardımına gelir. El Tahir, yine de eski hocsından bir açıklama ister. El Muallim, Süleyman Tapınağı' ndan alınan Eden' in Parçası' nı bütün insanlar üstünde kullanacağını, böylece mutlak barışı dünyaya getireceğini söyler. Kafası karışan El Tahir' in boşluğundan yararlanmak isteyen El Muallim, onu öldürmesi için öldürdüğü 9 hedefin ruhlarını çağırır. Hepsini teker teker ve tekrar öldüren El Tahir, daha sonra hocasının kopyalarıyla karşılaşır ve onları da yok ettikten sonra hoasını bu sefer gerçekten öldürür. Hocasının cansız ellerinden düşen bu "Elma" aktive olur ve ortaya bir dünya haritası hologramı ile birlikte harita üzerinde diğer Eden' in Parçaları' nın muhtemel yerleri gösterilmektedir. Hocasının ölümünden sonra, El Tahir, en büyük usta (grandmaster) ünvanını alır ve yaşadığı ve yaşayacağı hayatı kaleme almaya başlar.Codex' ler (günlükleri) hayatını detayıyla anlatmaktadır. Ama daha sorunlar bitmemiştir. Haçlılar mücadelelerini sürdürmektedir. Diğer yandan tapınak şovalyeleri tamamen yenilmemişlerdir. Tapınakçılar, Armand Bouchart (tapınakçıların yeni lideri) önderliğinde, Kıbrıs' a kaçmaktadırlar ve Acre şehrini kaçışları için güvenceye almışlardır. El Tahir, şehre saldırı düzenlediğinde bir kadının hayatını kurtarır. Bu kadın, Robert de Sable tarafından kandırmaca olarak onun yerine geçen kadındır. Adının Maria olduğunu açıkladıktan sonra şehirde kalan tapınakçılar, assassin topluluğuna katılır. El Tahir, olan biten herşeyi oradakilere de anlattığında, herkes olayın aslını öğrenmiştir. Daha sonra Kıbrıs' ı da Tapınakçılardan temizleyen El Tahir "Elma" yı Limassol (Leymosun - Kıbrıs' da bir şehirdir.) arşivlerinde saklamaya niyetlendiyse de, yanından ayırmamasını daha uygun bulmuştur. İleriki yıllarında bu elma ile yeni suikast teknikleri, bilgiler, teknolojiler ve "daha önce gelenler" hakkında referanslar elde etmiştir ve bilgiler El Tahir' in codex'lerinde (el yazması - günlükleri) bulunmaktadır. İleri bir zamanda Maria ve El Tahir' in en az 2 oğlu olmuştur. Suikastçi olması için eğitilmişlerdir. El Tahir ve ailesi doğudan gelen tapınakçı Cengiz Han tehlikesine karşı savaşmak için doğuya göç etmiştir. El Tahir, Cengiz Han' ın elinde Eden Parçaları' ndan biri olduğundan şüphelenmişti.
