Pero esta nueva etapa también afectó a la familia del jefe del narcotráfico, ya que fue objeto de las acciones violentas del autodenominado grupo de Los Pepes (Perseguidos por Pablo Escobar), que iniciaron una campaña de ataques contra las propiedades, familiares, abogados y asociados del delincuente.
En esta oleada de atentados cayeron varios de sus hombres de confianza y la familia Escobar inició una diáspora en la que se intentó encontrar una nación que quisiera recibirles como refugiados políticos.
El gobierno de César Gaviria, mientras tanto, ofrecía jugosas recompensas por cualquier dato acerca de su paradero.
Durante más de un año logró eludir su captura, hasta que finalmente el 2 de diciembre de 1993, cuando acababa de cumplir 44 años, fue abatido a tiros por quince policías del Bloque de Búsqueda (grupo especialmente constituido para su captura) en el tejado de su casa del barrio de América, en Medellín, tras ser localizado al hacer unas llamadas a su familia.
Estaba casado con María Victoria Henao, que le había dado dos hijos: Juan Pablo y Manuela.
