Instrumente Mortale: Oraşul Oaselor o arată în centrul acţiunii pe adolescenta Clary Fray (Lily Collins), care descoperă că este descendenta Vânătorilor de umbre. Clanul mistic al tinerilor războinici pe jumătate îngeri, din care face şi ea parte acum, încearcă să protejeze lumea de demoni. După dispariţia mamei sale (Lena Headey), Clary este cooptată şi antrenată pentru luptă de un grup de astfel de vânători care îi arată o altă faţă a New Yorkului, numită Downworld, un oraş dominat de vârcolaci, demoni, vampiri şi alţi monştri.