Haruka Nanase, avec ses yeux océans et ses manières mystérieuses, est nouveau dans le Lycée Iwatobi.
Makoto, lui, avec son sourire chaleureux et ses yeux émeraudes, était sûr d'une chose: il avait bien rencontré l'adolescent stoïque auparavant.
Alors que les souvenirs refluent, de sentiments nouveaux, brises fraîche et innatendus, se développent. Un passé obscur se cache cependant, et cela, Makoto l'apprendra à ses dépends.