No começo antes do universo nasceu o primeiro pokemon Arceus. Arceus criou três seres: Mew para ajudar a criar o universo''' Dialga para controlar o tempo, Palkia para controlar o espaço. Arceus também criou Giratina para levar a alma dos Pokémons mortos para o Mundo Inferior. Mas, por causa de sua agressividade, Giratina foi banido. Vive atualmente no Torn World.
Em Arceus and the Jewel of Life!), Palkia, Dialga e Giratina lutam juntos contra Arceus, um ato que ele vê como traição.
Arceus criou outros três seres: Azelf, Uxie e Mesprit que supostamente nasceram do mesmo ovo. Estes três Pokémons criaram o espírito. Azelf deu o desejo (força)aos humanos, Uxie deu a sabedoria aos humanos e Mesprit deu as emoções aos humanos.
O Deus Pokemon criou Groudon para criar e controlar a terra, Kyogre para criar e controlar a água e Rayquaza para criar e controlar o ar. Groudon e Kyogre, por serem massas opostas, entraram em uma grande batalha, quase destruindo tudo aquilo que criaram; então Rayquaza, para pôr um fim na batalha, desceu dos céus e adormeceu ambos. Supostamente, Rayquaza cria Regigigas após a batalha, e Regigigas passa sua alma para três corpos: Regirock, Regice e Registeel.
Arceus deu origem a Heatran, que controla a lava; estado, seu jeito e seus fenômenos.
Ele deu origem a Cresselia, a qual ficou encarregada de controlar os sonhos, que é o oposto de Darkrai, responsável pelos pesadelos.
Criou, também, dois irmãos, conhecidos como Latias e Latios, para juntos serem os guardiões do infinito, isto é, das outras dimensões e Mundos Paralelos.
Arceus fez Celebi e Shaymin para juntos controlar e proteger a natureza. Há uma suposta relação entre Celebi, que pode viajar no tempo, e Dialga, criador e controlador do mesmo.
Arceus originou Lugia e Ho-Oh, como aves irmãs, para levarem a paz e a prosperidade aos humanos. Lugia morava numa torre e Ho-Oh em outra, todavia, estes Pokémons tinham uma rivalidade territorial, rivalidade que provoca uma batalha para ver quem cederia a localidade. Contudo, no meio da batalha, um raio incendiou a torre de Lugia, forçando-lhe a ceder seu território e a procurar uma nova morada: os mares. Para glorificar seu poder, Ho-Oh cria três Pokémons: Raikou (o raio que atingiu a torre), Entei (o fogo que foi gerado pelo raio) e Suicune (a chuva que apagou o fogo.
Lugia foi morar próximo a três ilhas que ficavam em volta de uma única e assim como Ho-Oh, para provar que tinha poder, criou três Pokémons: Articuno para a primeira ilha, o gelo; Zapdos, para a segunda ilha, o raio; e Moltres, o fogo, para terceira ilha.
Arceus criou Jirachi para ser a Estrela dos Desejos, ou seja, que ela fosse os sonhos e as esperanças dos humanos, trabalhando em conjunto com Azelf. Como esse é viajante do tempo também tem uma ligação com Palkia, criador e controlador deste.
Ele também gerou Manaphy para ser o Príncipe dos Mares, ou seja, controlá-los, junto de Lugia, que controla as correntes marítimas. Kyogre, criador dos mares, foi adormecido por Rayquaza.
Não há certeza sobre a origem de Deoxys, o guardião dos planetas..
Mewtwo, Phione, Regigigas, Regice, Regirock e Registeel são os únicos lendários não diretamente criados por Arceus. Mewtwo foi desenvolvido pelos humanos a partir do material genético (DNA) de Mew, para superá-lo. Phione é o filho de Manaphy é considerado como lendário, pois foi gerado por um, e os 4 Regis foram supostamente criados por Rayquaza.
No Universo Pokémon há várias histórias de como cada região surgiu, veja elas: Sinnoh
As informações contidas aqui são baseadas principalmente nos Mitos de Sinnoh encontradas em Pokémon Diamond & Pearl. Esta história pode ser encontrada na Canalave Library e ser também contada pelas várias plates encontradas no jogo. Os pokémons lendários da quarta geração possuem características mais divinas.
Arceus começa a existir. Segundo o livro, no jogo, The Original Story (a história original), Arceus nasceu de um ovo em um vórtex de puro caos. Após seu nascimento, ele criou dois seres, o tempo (Dialga) e o espaço (Palkia), provenientes dele mesmo, criando o Universo, e depois mais três seres pokémon (Azelf, Uxie e Mesprit), o trio de pokémons psíquicos de lago. As lendas dizem que esse trio místico nasceu do mesmo ovo. Enquanto Arceus cai em sono profundo, a matéria é criada pelos pokémons que ele criou. Dialga controla o tempo e Palkia o espaço.
Azelf, Uxie, e Mesprit; que respectivamente representam os poderes de Deus (judeu), onipotência, onisciência e onipresença; criaram o espírito. Uxie é referido como "The Being of Knowledge", pois dizem que a sabedoria que enriquece a vida humana foi trazida com seu nascimento. Mesprit é referido como "The Being of Emotion", pois ensonou aos humanos a sentirem emoções, como exemplo, a dor da tristeza e o valor da alegria. Azelf é referido como "The Being of Willpower", pois pode pode fazer as pessoas desistirem de uma atividade ou fazê-las tentarem essa atividade repetidamente. Dizem que foi Azelf que deu a força aos humanos e que ele mantém o equilíbrio do mundo.
Acredita-se que Giratina foi criada também por Arceus e que esse pokémon vive num mundo reverso ao nosso, na borda das dimensões, onde pokémons mortos habitam. Aparece em velhos cemitérios, com o papel de levar as almas para o mundo em que vive. Após sua criação, ela desaparece em uma dimensão alternativa.
De Arceus veio Mew, o qual seria seu ajudante na criação do universo e dos pokémons, de Dialga veio Celebi, o viajante do tempo e de Palkia veio Jirachi, a estrela dos desejos.
Hoenn
No início, tudo era muito estranho e, de repente, surgiram Groudon, Kyogre e Rayquaza. Groudon é um pokémon capaz de criar grandes terremotos, fazer com que vulcões entrem em erupção e o sol brilhar mais forte e nuvens desaparecerem do céu provocando estiagem. Kyogre é um pokémon capaz de provocar grandes maremotos e tempestades. Rayquaza controla a meteorologia e normaliza o tempo.
Reza a lenda de que numa época em que não existia nada na Terra, Groudon criou os continentes, enquanro Kyogre os oceanos. Por serem massas opostas, eles entram em uma grande batalha, quase destruindo tudo o que criaram. Rayquaza, um pokémon que vive voando velozmente pela camada de ozônio, desce dos céus e intervem na batalha para terminá-la. Ele bane Groudon e Kyogre para áreas profundas da região de Hoenn.
Para derrotá-los, Rayquaza cria os três Regis e derrota os dois, adormecendo-os. A partir de então, formou-se a Pangéia e os três Regis se juntaram formando Regigigas, dividiu o continente em vários.
Mt. Coronet é criado e ao seu redor a região de Sinnoh é criada..
Pré-História
Há milhões de anos viviam pokémons pré-históricos, que são acreditados estar extintos atualmente. Eles podem ser revividos em laboratórios atuais através do estudo de seus fósseis. São eles Omanyte, Kabuto, Aerodactyl, Lileep, Anorith, Cranidos e Shieldon.
Surgiram com a composição de organismos vivos e bactérias, assim criando esse universo.
Johto
Há 700 anos atrás, Tin Tower e Brass Tower são construídos em Ecruteak City; Lugia e Ho-Oh ocupam o topo delas.
Há 150 anos atrás, Brass Tower se queima até o chão, matando três pokémons em seu interior. Lugia foge para Whirl Islands, Ho-Oh ressussita os três pokémons como bestas lendárias (Raikou, Entei e Suicune) e voa em busca do treinador de coração puro. Essa torre é a atual Burned Tower.
Arceus também cria em Johto o trio do dragão: Dialga, Palkia e Giratina, num lugar até então desconhecido chamado ruinas do Xintoismo, em Pokémon Heart Gold & Soul Silver o jogador pode escolher um membro do trio do dragão, que acaba de ser criado no nível.1, assim que falar com Chintia.
Kanto
O navio S.S. Tidal é construída nos anos 1990. Mewtwo é clonado de Mew, depois escapa e destrói a Mansão Pokémon de Cinnabar Island e se esconde na misteriosa Cerulean Cave, onde vai criando os Pokémons de lá.
