La historia transcurre entre Halo 2 y Halo 3, cuando un escuadrón de ODSTs es enviado a abordar una nave Covenant situada sobre Nueva Mombasa. Durante el descenso la nave Covenant realiza un salto estelar, y el escuadrón de ODSTs aterriza desperdigado por varios puntos de la ciudad.
6 horas después, El Novato despierta y recorre las calles de Nueva Mombassa encontrándose con el Superintendente, que es la IA de la ciudad, quien lleva al Novato a sitios donde hay objetos usados por el escuadrón antes y los spartans 2 examinan haciendo que recordar lo que hizo el escuadrón 6 horas antes.
Después del electrochoque, la cápsula de Buck (líder del escuadrón)choca y hace contacto por radio con Dare diciendo que hay varios enemigos cerca de su cápsula, Buck decide ir a salvarla, pero cuando llega no hay nadie. Un Ingeniero (criatura) está cerca de la cápsula y decide examinar a Buck, pero Romeo (miembro del escuadrón, francotirador) le salva la vida causando que el Ingeniero explote. Buck le pregunta si ha visto a otros, pero le responde que no.
Mientras tanto, otro miembro llamado Dutch aterriza en la Reserva Natural Uplift y ayuda a varios marines a salir de allí.
También otro miembro llamado Mickey está cerca y usa un tanque Scorpion para llevar a soldados al punto de reunión que es el edificio de la ONI (Oficina de Inteligencia Naval) y se encuentra con Dutch, quien se encuentra acorrolado. Los dos matan a los enemigos cerca y se encuentran con un policía quien les dice que lo ayuden. Dutch y Mickey pelean tratando de proteger el edificio de los enemigos, explotando un puente para que no entren. Pero logran llegar más y se retiran al interior del edificio. Se dan cuenta de que para proteger el edificio ,tienen que destruirlo. Llegan a la cima de este y se montan en un Pelican, haciendo que Mickey active las cargas haciendo explotar el edificio. Buck y Romeo esperan en la Jefatura de Policía de la ciudad a Dutch y Mickey, pero unas Banshees atacan el Pelican haciendo que se estrelle cerca. Buck y Romeo van y por ellos y ellos con Mickey y Dutch destruyen las naves aéreas de la zona; pero llega un Phantom con un Brute con el martillo gravitatorio atacando, dejando gravemente herido, a Romeo, pero no logra matarlo por que Buck se le montó y le enterro una navaja en su cuello, llevan a Romeo a la estación de trenes de la ciudad.
En las afueras de la estación ayudan a Romeo con una lata de Biofam, (Medicina) siendo este el último objeto del Novato a inspeccionar, al entrar a la estación ven que los túneles hay enemigos y deciden robarse un Phantom. Buck y Mickey llegan a la nave y la secuestran llevando a Dutch y Romeo como artilleros, Mickey de piloto y Buck en una Banshee para limpiar de enemigos la zona. Van por túneles matando enemigos y destruyen un Scarab y salen al exterior de la ciudad, ya anocheciendo. Buck decide inmediatamente volver para rescatar a Dare diciendo que ya sabe donde esta.
El Novato, después de inspeccionar el último objeto, recibe una transmisión de Dare diciendo que esta atrapada en los túneles debajo de la ciudad. El Novato llega a estos y llega a donde esta Dare, en el subnivel 09. Los dos llegan al "núcleo" de info. del Superintendente. Entrando encuentran un Ingeniero y Dare le explica que el objetivo de la misión era proteger los datos del Superintendente y el Ingeniero, llamado Virgl, los tiene almacenados. De pronto oyen a Buck por el radio viniendo por ella. Se montan los cuatro al ascensor y Dare golpea y besa a Buck por venir por ella.
Ya esta amaneciendo y llegan a una autopista. Dare y Virgil se montan en un Oliphant (derivado del Elephant)y El Novato y Buck los protegen en un Warthog y llegan a un punto donde el Phantom que secuestraron los recoge. Este se va antes de que el Covenant "destruya" la ciudad, donde se ve el Portal hacia el Arca.
Un mes después, el Sargento Johnson llega con Dare a interrogar a Virgl, Johnson saca un cigarro y un encendedor dandoselo a Virgl. Le pregunta "...Vas a decirme que están cavando tan alegremente ahí". Virgil enciende el cigarro, significado un trato. Si completas el último nivel en Legendario aparece el Profeta de la Verdad viendo muchos ingenieros haciendo algo en los túnel cerca del Portal. El ve y sonrie.
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