Género: Comedia Romántica, Yaoi.
La trama de Junjō Romantica se desarrolla alrededor de tres parejas principales: «la romántica», «la egoísta» y «la terrorista». La «pareja romántica» trata acerca de la relación entre el famoso novelista Akihiko Usami y el estudiante universitario Misaki Takahashi. A petición del hermano mayor de Misaki, Takahiro —quien es un amigo de la preparatoria de Akihiko—, Akihiko acepta ser su tutor con el fin de ayudarlo a ingresar a la Universidad Mitsuhashi. Luego de una primera mala impresión y un tumultoso intercambio de palabras, ambos comienzan a mejorar su relación hasta el punto de pasar de profesor/alumno a amantes.
La «pareja egoísta» se centra en el amigo de la infancia de Akihiko, Hiroki Kamijō. Hiroki ha estado enamorado de Akihiko desde que ambos eran pequeños, sin embargo, su amor hacia este es incorrespondido debido a que Akihiko no siente lo mismo por él. Luego de que su amistad casi se hiciera añicos por este preciso hecho, Hiroki conoce a Nowaki Kusama, un joven humilde y trabajador que, con mucho esfuerzo, logra meterse en su vida al pedirle que sea su tutor.
La «pareja terrorista» narra la historia del compañero de trabajo de Hiroki, Yō Miyagi, y su relación con el estudiante de secundaria Shinobu Takatsuki. Luego de tres años de haberse divorciado, Miyagi es acosado por Shinobu, quien además es el hijo de su jefe y hermano menor de su ex-esposa. Shinobu le insiste a Miyagi que debe responsabilizarse por el hecho de haberlo enamorado tras haberlo defendido de unos delincuentes en la calle, pero Miyagi se niega a aceptar sus sentimientos debido a que le dobla la edad y ambos son hombres.
Una trama secundaria bajo el nombre de Junjō Mistake, trata acerca de la relación entre el jefe de Akihiko, Ryūichirō Isaka, y su secretario, Kaoru Asahina. Asahina demuestra mediante varias acciones el respeto que tiene por el padre de Isaka, y por ende Isaka cree que Asahina está enamorado de este. Sin embargo, una fuerte pelea entre ambos los lleva a descubrir sus verdaderos sentimientos por el otro.
