Anime jest o świecie, w którym istnieją istoty zwane ghoulami, żywiące się ludzkim mięsem. Wyglądają niby normalnie jak każdy człowiek, ale są całkowicie inne. Tokyo jest podzielone na dzielnice w których pobyt ghouli nadzorują ludzie zwani ,,gołębiami", inaczej tropicie ghouli. Główny bohater, Kaneki, na skutek pewnego wypadku staje sie półghoulem i musi nauczyć się jak przeżyć. Fabuła anime skupia się głównie na tym, jak Kaneki uczy się bycia ghoulem i jak wygląda ich świat.
Główny bohater po wydarzeniach z końca poprzedniego sezonu separuje się od dawnych przyjaciół z kawiarni i zaczyna karierę krwiożerczego ghoula w szeregach organizacji, którą jest Drzewo Aogiri. Nowy Kaneki zabije każdego, kto stanie mu na drodze do zdobycia pełni mocy, jaką osiągnąć może ghoul. Jego ofiarami padają nie tylko ludzie, przez co bardzo cierpi jedna z jego przyjaciółek Z czasem zyskuje coraz większą moc...
W trzecim sezonie, zatytułowanym oficjalnie „Tokyo Ghoul:re", Kaneki cierpi na amnezję spowodowaną wydarzeniami z końca 2. sezonu. Mężczyzna funkcjonuje pod nową tożsamością i nazywa się Haise Sasaki. Staje się liderem specjalnej jednostki Quinx Squad, stworzoną przez CCG, służbę powołaną do walki z niebezpiecznymi potworami. QS składa się z osób, które podobnie jak Kaneki, idąc tropem metafory „zwalczaj ogień ogniem", przeszły operacje, stając się pół ghoulami.