Muslera Galatasaray forması ile ilk maçına Olympiakos karşısında çıkmış, fakat 1. dakikada gelen gole engel olamayınca takımı, hazırlık maçından 1-0 mağlup ayrılmıştır. Muslera ilk resmi maçınaİstanbul Büyükşehir Belediyespor karşısında çıkmış fakat kalesinde 2 gole engel olamamıştır ve takımı 2-0 mağlup olmuştur. Muslera, Süper Lig'in 3. haftasında Galatasaray'ın deplasmanda oynadığı Karabükspor maçında rakibine yaptığı hareket sonrası kırmızı kart görmüş ve takımını 10 kişi bırakmıştır. Bu maç ile birlikte 8 deplasman maçında kalesinde tek gol bile görmeyen Muslera, Galatasaray'ın başarısındaki en büyük mimarlardan olmuştur. Muslera, Galatasaray'daki ilk penaltı kurtarışını ise Süper Lig'in 2011-12 sezonunun 10. haftasında oynanan Mersin İdman Yurdu maçının 45. dakikasında yapmış ve takımının puan almasını sağlamıştır, ayrıca Muslera Galatasaray forması ile ilk derbi maçına 20 Kasım 2011'de Beşiktaş karşısında çıkmış ve çok fazla kurtarış yaparak taraftarlar tarafından maçın adamı seçilmiştir. Antremanlarda Galatasaray'ın ve Brezilya milli takımının efsane file bekçisi Claudio Taffarel Türkiye'ye getirdiği mekanik şut makinesi tarafından çalıştırılan Muslera, bu makinanın ve Taffarel'in performansındaki artışın baş mimarı olduğunu söylemiştir. İdolünün Güney Amerikalı kaleci Oscar Cordoba olduğunu belirten Muslera , en büyük hayalinin ise Faryd Mondragon ve Claudio Taffarel gibi Galatasaray tarihine geçmek olduğunu söylemiştir. 8 Nisan 2012 tarihinde Manisaspor - Galatasaray karşılaşmasının 82. dakikasında kariyerindeki ilk golünü atmıştır(Penaltı). Ayrıca Muslera, attığı penaltı golü ile Galatasaray tarihinde Zoran Simoviç'ten sonra gol atan ilk kaleci olmuştur. Zoran Simoviç attığı golü 15 Nisan 1989'da Kahramanmaraşspor takımına atmıştır. Ayrıca Muslera aynı maçta Faryd Mondragon ve Claudio Taffarel 'in elinde bulunan normal ligde 15 maç gol yememe rekorunu 19 maça çıkararak rekorun tek sahibi olmuştur. Fernando Muslera attığı penaltı golünden sonra "Kariyerimin ilk golü. Taraftarın inanılmaz bir desteği vardı. Bana da gidip atmak düştü. Normalde oyuncular atar ama bana da bu görev verildi. Her kaleciye nasip olmaz. Hocama teşekkür etmek istiyorum o izin verdi. Arkadaşlarım da izin verdi, onlara teşekkür ederim. Umarım gollerin devamı gelir." açıklamalarında bulundu. Kırdığı gol yememe rekoru hakkında da konuşan Muslera, "İnanılmaz gurur veriyor insana. Tarihe geçtiğim için çok mutluyum ama bu herkesin başarısı. Takımın da büyük sorumluluğu var. Gol yememem için büyük fedakarlıklar yapıldı. Şampiyonlukta ne kadar iddialı olduğumuzu bir kez daha gösterdik" sözleriyle açıklamasını noktaladı.[6]Muslera 2011-2012 sezonun son maçında Fenerbahçe ile deplasmanda oynanan maçta ilk 11 başlamış ve maçın sonunda Gazeteciler tarafından yapılan oylamada maçın en iyi oyuncusu seçilmiştir. Muslera böylelikle ilk sezonunda da Şampiyonluk yaşamıştır.
2012-13
Muslera 2012-13 sezonunda ise ilk resmi maçına Fenerbahçe karşısında Süper kupa maçında çıkmış ve Galatasaray bu maçı 3-2 kazanarak Süper kupa'nın sahibi olmuştur. Muslera ilk lig maçına Kasımpaşa karşısında çıkmış duran top'tan kalesinde bir gol görmüş fakat Galatasaray bu maçı 2-1 kazanmıştır. Muslera bir sonraki hafta da ise Beşiktaş karşısında forma giymiş kalesinde 3 gol görmüş ve eleştirilere mağruz kalmıştır bu maçta Galatasaray son dakika penaltı kazanmış ve maç 3-3 beraberlikle bitmiştir. Galatasaray'ın Old Trafford'da Manchester United ile oynadığı maçtada ilk 11 başlayan Muslera, birçok pozisyonda Manchester'a geçit vermemiş hatta Maçın 2.yarısında Nani'nin kullandığı Penaltı'yı kurtararak İngiliz basınında bomba etkisi yaratmıştır. Maçın ardından Nani "Penaltıda Muslera'nın hareket etmesi için bekliyordum. Bu yüzden birkaç kez durakladım ama gerçekten çok akıllı bir kaleci çıktı. Ben vuracağım köşeyi seçene kadar kıpırdamadı. Ve sonuç olarak harika bir kurtarış yaptı" açıklamalarında bulunurken Muslera ise "Nani topun başına geçtikten sonra yüzüme biraz uzunca baktı. Penaltıyı kullanmaya gelirken de birkaç kez durdu. Nani'nin penaltılarda topu köşeye sert vurduğunu biliyordum. O vurana kadar bekledim ve köşeye atlayarak penaltıyı kurtardım." açıklamalarında bulundu.[3] Galatasaray'ın 2012-13 sezonunda Şampiyonlar Ligi'nde Çeyrek Final oynamasıyla,Muslera Víctor Valdés'i de geçerek çeyrek finalin en pahalı 4. kalecisi olmuştur.[4] 2012-13 sezonunun kalan bölümünde de başarılı bir performans gösteren Muslera, sezonun 32.haftasında Galatasaray formasıyla tekrar şampiyonluğa ulaşmıştır.
