2003 yılında, 3,3 milyon € bonservis bedeli karşılığında Marsilya
'ya transfer olmuştur. Didier Drogba, Olympique de Marseille
formasıyla Ligde 35 maçta attığı 19 golle gol krallığında üçüncü olurken Şampiyonlar Ligi
grup aşamasında beş, takımını finale taşıdığı UEFA Kupası’nda da tam altı gol kaydetti. 3. Tur’da 1-0, 0-0’lık skorlarla eledikleri Dnipro karşısındaki tek golün sahibi oydu, son 16’da Liverpool ağlarını her iki maçta da havalandırdı, Çeyrek Final’deki Inter Milan
eşleşmesinde 180 dakikada tek gol vardı ve bu gol Didier Drogba'dan geldi.Newcastle United
ile oynanan Yarı Final’de iki gol de Drogba'dan geliyordu. Fransa’da "UNFP
Yılın Oyuncusu" seçilen Drogba’nın neredeyse her açıklamasında "Milan’da Maldini neyse, Marsilya’da ben de o olmak istiyorum"ifadeleri olsa da Drogba'ya birçok büyük kulüpten teklif gelmişti. 2003 yılında Rus milyarder Roman Abramovich
tarafından satın alınan Chelsea, onun olağanüstü performansına kayıtsız kalamayan kulüplerden biriydi ve bu transfer için tam 44,5 milyon doları gözden çıkarmışlardı. Rio Ferdinand
ve Juan Sebastian Veron
’dan sonra en pahalı transfer oldu.