21 Şubat 1959 tarihinde sadece İstanbul, Ankara ve İzmir takımlarının katılabildiği Türkiye 1. Futbol Ligi kuruldu. Beyaz ve kırmızı grup şeklinde düzenlenen ve 16 takımın yer aldığı ligde, Fenerbahçe, beyaz grupta yer aldı. Macar teknik direktör Ignace Molnar yönetimindeki Fenerbahçe, 12 galibiyet ve 2 beraberlik alıp 26 puanla grubunu lider tamamladı. Finalde ise kırmızı grubun birincisi Galatasaray ile karşılaştı. İki maç şeklinde düzenlenen finalde, ilk maçı 1-0 kaybetmesine karşın ikinci maçta rakibini Yüksel Gündüz, Mustafa Güven, Naci Erdem ve Şeref Has'ın attığı gollerle 4-0 yenerek Türkiye 1. Futbol Ligi'nin ilk şampiyonu oldu. 1959-60 sezonunda ligi ikinci olarak bitiren Fenerbahçe, aynı sezon tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'na katıldı. 1. ön eleme turunda Macaristan ligi şampiyonu Csepel'i 1-1 ve 3-2'lik skorlarla eleyerek ikinci tura yükseldi. İkinci turda Fransa ligi şampiyonu Nice'yle karşılaşan Fenerbahçe, rakibine elenerek turnuvaya veda etti.
Can Bartu'nun İtalya'da oynadığı yıllardan bir fotoğraf
1960 yılında takımın başına Macar teknik direktör László Székely getirildi.[25] Fenerbahçe, 1960-61 sezonunda 38 maçta aldığı 26 galibiyet, 9 beraberlik, 3 mağlubiyetle ligi yeniden şampiyon olarak tamamladı.[29] Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin en önemli futbolcularından olan Can Bartu'nun sezon sonunda bir İtalyan takımı olan Fiorentina'ya transfer olması oldu.] 1961-62 sezonunda ise yeniden Şampiyon Kulüpler Kupası'nda mücadele etme hakkı kazanan Fenerbahçe, 2. turdan katıldığı turnuvada Nürnberg'e 2-1 ve 1-0'lık skorlarla yenilerek kupaya veda etti. 1962 yılının Ocak ayında takımın başına Necdet Erdem getirildi. 1962 yılının Temmuz ayında ise takımın başına Yugoslav teknik direktör Miroslav Kokotović getirildi.]1962-63 sezonunu üçüncü olarak bitiren Fenerbahçe, 1963-64 sezonunda Kupa Galipleri Kupası'na katıldı. Ön eleme turunda Romanya ligi takımlarından FC Petrolul Ploieşti'yi geçen Fenerbahçe, birinci turda Kuzey İrlanda ligi takımı olan Linfield'i eleyerek tarihinde ilk defa Şampiyon Kulüpler Kupası'nda çeyrek finale kaldı. Çeyrek finalde Macaristan ligi takımlarından MTK Budapeşte ile eşleşti. İlk maçı 2-0 kaybeden Fenerbahçe, ikinci maçı 3-1 kazanarak turu playoff'a taşıdı. Ancak playoff maçında rakibine 1-0 yenilerek kupaya veda etti.] Miroslav Kokotović yönetiminde hem Avrupa'da hem de Türkiye'de başarılı bir sezon geçiren Fenerbahçe, aynı sezon ligi şampiyon olarak tamamladı.[
1964-65 sezonunda teknik direktörlüğe İngiliz Oscar Hold getirildi. Fenerbahçe bu sezonda dördüncü kez lig şampiyonluğu elde etti. 1965-66 sezonunda Selahattin Torkal yönetimindeki takım, ligi üçüncü, 1966-67 sezonunda ise Abdullah Gegiç yönetiminde ligi ikinci sırada bitirdi.] Bu sezonun en önemli gelişmelerinden birisi ise Fenerbahçe'nin Balkan Kupası'nı kazanması oldu. Fenerbahçe'nin Balkan Kupası şampiyonluğu, bir Türk futbol takımının uluslararası resmi bir organizasyonda kazandığı ilk şampiyonluk oldu. Kupa'nın final maçında Yunanistan ligi takımlarından AEK Atina ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak'ın iki, Yılmaz Şen'in ise attığı bir golle 3-1 mağlup etti.
1967-68 sezonunda takımın başına yeniden Ignace Molnar'ı getiren Fenerbahçe, sezonu en yakın takipçisi Beşiktaş'ın 7 puan önünde şampiyon olarak tamamladı. Aynı sezon Türkiye Kupası finalinde Altay ile karşılaşan Fenerbahçe, rakibini Ogün Altıparmak ve Nedim Doğan'ın attığı gollerle 2-0 mağlup ederek ilk Türkiye Kupası şampiyonluğunu kazandı. 1968-69 sezonunda Şampiyon Kulüpler Kupası'na 1. turdan katılan Fenerbahçe İngiltere Premier League takımlarından Manchester City'i ilk maçı 0-0 biten maçın ardından ikinci maçta 2-1 mağlup ederek 2. tura yükseldi. 2. turda Hollanda ligi takımlarından Ajax ile karşılaşan Fenerbahçe, iki maçı da 2-0 kaybederek turnuvaya veda etti. 1969 yılı Mart ayında Ignace Molnar takımdan ayrıldı. Sezonu sırasıyla Fikret Kırcan ve Basri Dirimlili yönetimde geçiren Fenerbahçe ligi dördüncü sırada bitirdi.
