Negli anni 30-40 la Francia compie degli esperimenti nucleari e le radiazioni creano un'iguana mutata, nello stesso anno fu stata scoperta l'esistenza di uno scimmione di 50 metri...
1998 Kong arriva a New York City per trovare la sua ragazza di cui si era innamorato, intanto in una zona di pesca, seguendo i banchi di pesce, Zilla riesce ad arrivare a New York. Qui, lentamente, scatena il panico in tutta la città. Il video-reporter Victor Palotti riesce a filmare il mostro, diventando una sorta di celebrità. Anche la moglie Lucy Palotti viene coinvolta dalla popolarità del marito. King Kong non si accorse dell'arrivo del lucertolone ma continuò a cercare casa per casa la sua amata... Niko intuisce che Zilla non è altro che un'iguana geneticamente mutata, e che l'unico motivo per cui ha aggredito i pescherecci era per la ricerca di pesce. Niko ordina quindi che per farlo uscire allo scoperto, lo si deve attirare con una enorme quantità di pesce posta in un luogo strategico. Nella nottata, il mostro, attirato dall'odore di pesce, esce dalle fognature. La ragazza dello scimmione urlò spaventata e King Kong si mostro davanti al lucertolone con uno sguardo furioso e la battaglia finalmente cominciò.
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Inizialmente Zilla ha la meglio e mette fuori gioco Kong ma viene attaccato dall'esercito, che lo attendeva appostato di nascosto. Il mostro continua a essere braccato dall'esercito con elicotteri da guerra, sottomarini e caccia F-18 ma fortunatamente mancò i proiettili e missili e scappò ritornando nelle fogne... I militari controllano il sottosuolo, scoprendo tonnellate e tonnellate di pesce nascoste. Si presume quindi che il mostro si fosse preparato per una gravidanza: a questo punto nasce un ennesimo interrogativo. Dove sono i pargoli in attesa di nascere ?
Per scoprire di che sesso sia il mostro che ancora si aggira per Manhattan, Niko Tatopoulos compra dei test di gravidanza per animali, ma in farmacia incontra casualmente Audrey. Qui i due iniziano a parlare del più e del meno e Niko, fidandosi di Audrey, la fa entrare nella tenda; la donna scopre un sensazionale video che mostra un anziano pescatore che sussurra: Zilla. Indecisa se stare con Niko o avere lo scoop che le avrebbe consentito il successo nella sua carriera, Audrey prende comunque il video. Più tardi lo fa mostrare dalla WIDF, il network per cui lavora; quando il governo scopre che il video è stato mostrato, incolpa Tatopoulos dell'accaduto e lo licenzia.
In seguito al licenziamento, Tatopoulos decide di partire da New York, lasciando in mano al governo la gestione della crisi. Ma il caso necessità di un'ulteriore indagine, così, Tatopoulos lascia ai soldati una sorta di ordine; controllare se il gigantesco mostro ha deposto delle uova. Ma il governo non accetta di portare a termine quest'incarico. Tatopoulos a questo punto prende un taxi per dirigersi all'aeroporto, ma scopre che il tassista è in realtà Roaché. Philippe lo porta al sicuro in un capannone del porto, dove i servizi segreti francesi hanno installato una piccola base ipertecnologica. Qui, si sono organizzati per combattere il mostro. Tatopoulos e Roaché decidono allora di entrare nei sotterranei di New York, dove ritengono che il Zilla potrebbe aver deposto le uova. Velocemente i soldati, armati sino ai denti, scendono nel sottosuolo grazie a un diversivo. Ma Roaché e Niko non sono gli unici a scendere sotto la superficie di New York: anche Audrey e il suo amico Victor Palotti, contro il parere della moglie Lucy, li seguono per filmare un altro sensazionale scoop, mentre Roaché è accompagnato da quattro dei suoi uomini.
