Este proyecto ha sido objeto de críticas por numerosas teorías de la conspiración, acusándosele de ocultar su verdadero propósito. A mediados de los años 1990 fue objeto de controversia debido a la hipótesis de que las antenas de la Estación podrían usarse como armamento. En agosto de 2002, la tecnología HAARP tuvo una mención como tema crítico en la Duma(parlamento) de Rusia. La Duma elaboró un comunicado de prensa sobre el programa HAARP, escrito por los comités de defensa y asuntos internacionales, firmado por 90 representantes y presentado al entonces presidente Vladímir Putin. El comunicado de prensa indicaba lo siguiente:
«Los Estados Unidos están creando nuevas armas integrales de carácter geofísico que puede influir en la tropósfera con ondas de radio de baja frecuencia... La importancia de este salto cualitativo es comparable a la transición de las armas blancas a las armas de fuego, o de las armas convencionales a las armas nucleares. Este nuevo tipo de armas difiere de las de cualquier otro tipo conocido en que la tropósfera y sus componentes se convierten en objetos sobre los cuales se puede influir
Sin embargo, el equivalente ruso Sura, es una instalación similar pero unas 50 veces más potente que HAARP (180 MW frente a 3,6 MW). El Parlamento Europeo, por su parte, en una resolución del 28 de enero de 1999sobre ambiente, seguridad y política exterior señalaba que debido a los potenciales efectos de las actividades realizadas por el proyecto HAARP, estas eran de trascendencia y envergadura mundial, por lo que solicita que sea objeto de una evaluación por parte de STOA en lo que se refería a sus repercusiones sobre el medio ambiente local y mundial y sobre la salud pública en general. En esa misma resolución del Parlamento Europeo, se pedía que se celebrara una convención internacional para la prohibición mundial de cualquier tipo de desarrollo y despliegue de armas que puedan permitir cualquier forma de manipulación de los seres humanos. La controversia continuó en 2010, cuando varios físicos rusos acusaron a EE. UU.de estar tras la intensa ola de calor rusa que originó numerosos incendios y duplicó la mortalidad. Afirmaban que el proyecto HAARP no es solo un medio de investigación, sino una potente arma que modifica el campo eléctrico y provoca cambios climáticos a nivel mundial.
Sobre las controversias, el periodista Sharon Weinberger llamó al HAARP «el Moby-Dick de las conspiraciones» debido a la gran desinformación sobre su potencial científico, refiriéndose sobre un estudio que al respecto se publicó en la revista Nature, el cual analizaba el potencial de HAARP como centro de investigación ionosférico.[9] A su vez, el investigador informático David Naiditch denominó a este como «un imán de teorías conspiracionistas», descalificando y satirizando la posición de dichos conspiracionistas en algunas de sus declaraciones.
A HAARP se le ha culpado en ocasiones por accionar catástrofes de proporciones bíblicas tales como inundaciones masivas, sequías devastadoras, potentes huracanes, tornados y tormentas eléctricas, y devastadores terremotos en Afganistán y las Filipinas, dirigidos a la agitación de terroristas. A HAARP también se le ha acusado de haber causado los principales apagones en el oeste norteamericano, la caída del vuelo 800 de TWA, enfermedades misteriosas como el Síndrome del Golfo o el Síndrome de fatiga crónica. Algunos afirman que HAARP es un aparato de control mental que provoca la alienación de los jóvenes, como los que causaron la masacre del Instituto Columbine y en otros lugares (inclusive se venden dispositivos que bloquean las emisiones del HAARP que alteran la mente). Se ha descrito como un arma capaz de hacer un escudo antimisiles, o como un rayo de la muerte que podría convertir el planeta Tierra en un lugar inhabitable, se ha dicho que interfiere con las migraciones de las aves, que es un arma diabólica fabricada por las fuerzas del Anticristo, un disruptor de comunicaciones global, un aparato que causaría que la tierra girase fuera de control y que es un sistema vinculado a actividades de ovnis.
David Naiditch en eSKEPTIC[4]
Los teóricos de la conspiración también han sugerido vínculos entre el HAARP y el trabajo de Nikola Tesla. Según Naiditch, HAARP es un blanco atractivo para los teóricos de la conspiraciónporque «su finalidad parece enigmática para los ignorantes en ciencia». Hasta el momento, en ningún lugar que apoye las teorías de la conspiración se ha mostrado cómo sería posible que las ondas de radiofrecuencia producidas por el HAARP puedan provocar efectos tales como terremotos. Ningún experimento científico avala esa conjetura
