May handaan sa bahay ni Don Santiago de los Santos. Maraming handa, Dumalo ang mga kaibigan at kakilala ng Don. Nagsidalo rin pati na ang mga taong hindi inimbita. Masaya ang lahat sa nasabing pagtitipon. Kaya lamang ay nauwi sa pagtatalo ang pagsasaya ng iba, tulad ng nangyari kina Padre Damaso at sa tenyente ng guardia civil. Talo pa nila ang mga walang pinag-aralan. Dumating mula sa Europa si Crisostomo Ibarra, anak ng namatay na si Don Rafael. Hinangaan siya at binati ng maraming panauhin sa bahay ni Kapitan Tiyago. Nagulat si Crisostomo Ibarra sa pagtatakwil ni Padre Damaso sa kanyang pag-aalala nang lapitan siya ni Tenyente Guevarra at purihin niyon ang kanyang ama.
Masaganang hapunan ang inihanda ni Kapitan Tiyago bilang pasasalamat sa Mahal na Birhen sa pagdating ni Crisostomo Ibarra mula sa Europa. Ang pakikipag-usap ng ilang panauhin kay Ibarra habang naghahapunan ay humanga sa pagsasalaysay niya ng kanyang nakikinig sa kanyang pagsasalita, marami ang namasid at palagay tungkol sa kalagayan ng mga bansang nalakbay na niya. Ang opinyon ni Padre Damaso ay pagsasayang lamang ng salapi ang gayon. Nainsulto si Ibarra sa ipinahayag ng dating pari sa kanyang bayang San Diego. Umalis siya nang hindi pa tapos ang hapunan.
Isinalaysay ni Tenyente Guevarra kay Crisostomo Ibarra ang naging dahilan ng pagkakabilanggo at pagkamatay ni Don Rafael. Dahil sa pagtatanggol ni Don Rafael sa isang batang lalaki na gustong saktan ng artilyero ay naitulak niya iyon. Nabagok ang ulo ng artilyero. Hindi na yaon muling natauhan at tuluyan nang namatay. Hinuli ng pulisya si Don Rafael Ibarra. Tumagal ang paglilitis ng kanyang usapin hanggang sa namatay na siya sa loob ng bilangguan ng may sakit. Sa tinuluyang silid ni Crisostomo Ibarra ay iba-ibang pangitain ang nakita niya sa kanyang isipan. Naging abalang lubha ang kanyang pag-iisip sa malupit at malungkot na kapalarang sinapit ng kanyang ama. Hindi na tuloy niya napag-ukulan ng pansin ang mga tanawing makapagpapaligaya sa puso.
Mauuri ang mga taong naglalarawan sa pagkatao ni Kapitan Tiyago. May humahanga at natutuwa sa kanya. May namimintas at naiinis. May mga nasusuklam dahil sa kanyang mga pandaranas at katusuhan sa negosyo. Salapi ang ginagamit niya sa pagliligtas ng kanyang kaluluwa. Marahil ay dahil sa pag-aakalng mabibili niya pati na ang Diyos. Ngunit, ano man ang kapintasan ni Kapitan Tiyago ay sinasabing mahal na mahal niya ang anak na si Maria Clara kahit na hindi niya ito kamukha. Inakala ng mga kamag-anak ni Kapitan Tiyago na gawa ng paglilihi sa mga santol ng asawa niyang si Donya Pia ang pagka-mestisa ni Maria Clara. Sinasabi ring ang donya ang isa sa mga dahilan ng lubhang pagyaman ng Don.
Dumalaw si Crisostomo Ibarra sa kasintahan niyang sa Maria clara sa bahay ni Kapitan Tiyago sa Binondo. Sa kanilang pag-uulayaw sa balkonahe ay sinariwa ng balisa si Kapitan Tiyago bago at pagkatapos ng pag-uusap nila ni Padre Damaso. Samantala, ay isang matandang pari sa kanilang korporasyon ang dinalaw ni Padre Sibyla. Nasabi ng paring may sakit na kailangan nang magbago ng pamamalakad ang mga prayle sa Pilipinas sapagkat namumulat na ang isipan ng mga tao sa katotohanan kinabukasan ay Araw ng mga Patay. Kailangan niyang umuwi sa San Diego upang dalawin ang libing ng kanyang amang si Don Rafael Ibarra.
Nasisiyahang pinanood ni Ibarra ang mga nadaraanan niyang mga tao’t bagay-bagay sa mga lansangan at mga pook na binagtas ng kanyang karwahe mula sa Binondo. Itinulad niya ang mga iyon sa mga naobserbahan niya sa kanyang paglalakbay sa mga bansa sa Europa. Nasabi niyang higit na mauunlad ang mga bansa sa ibayong dagat kaysa sa sarili niyang bayan. Kinausap ni Padre Damaso si Kapitan Tiyago tungkol sa isang mahalagang bagay na sila pa lamang ang nakakaalam. agkasuyo ang masasaya at malulungkot nilang karanasan. Dahil sa matamis nilang pag-uulayaw ay muntik nang malimutan ni Ibarra na. Dating isang maliit na nayon lamang ang bayan ng San Diego. Mayaman ito sa anking mga bukirin at lupaing pinag-aanihan ng palay, asukal, kape, at prutas na naipagbibili sa iba pang mga bayan. Bukod sa ilog na parang ahas gubat sa gitna ng luntiang bukid ay angkin pa rin ng San diego ang isang gubat na nagtatago ng maraming alamat. Isa na rito ang kwento ukol sa mga ninuno ni Crisostomo Ibarra.
