Han pasado tres años desde la última vez que los Decepticons atacaron la Tierra y los Autobots esperan su regreso. Tras la muerte de Cliffjumper, los Autobots luchan por proteger la Tierra de los Decepticons y entablan amistad con cuatro jenes humanos
Después de la aparente muerte de Megatron, Starscream se convierte en el nuevo líder Decepticon.
Sin embargo, Megatron se encuentra moribundo entre los escombros del puente espacial y vuelve al poder después de un largo tiempo. Los Autobots tratarán de adaptarse a la tierra con sus nuevos aliados humanos y vencer a los Decepticons.