La secuencia 1 empieza en Londres, 1754. Haytham Kenway entra en el Teatro Real de Londres en la representación de la ópera del mendigo. Allí asesina a un hombre y le roba un amuleto. Reginald Birch, un hombre londinense y amigo de Haytham, descubre que "El Gran Templo" de "Los que vinieron antes" está en el Estado de Nueva York, así que envía a Haytham a las trece colonias, con un lista de hombres para que le ayuden. Durante el viaje en barco hacia el Nuevo Mundo, Haytham y el capitán creen que algunos marineros quieren amotinarse pero no es así, en realidad un marinero quiere matar a Haytham por lo que hizo en la ópera en Londres. Haytham lo evita y el barco llega al Nuevo Mundo en el día 72. Así finaliza la secuencia.
En la secuencia 2, Haytham es recibido por uno de los hombres de la lista, Charles Lee, en el puerto de Boston. Juntos van a la taberna Green Dragon, donde está otro hombre de la lista, William Johnson. Johnson le dice a Haytham que no puede hacer nada por él porque unos bandidos le han robado su investigación. Haytham, Lee y el sirviente de Johnson, Thomas Hickey, se encuentran delante del lugar donde tienen la investigación y la recuperan. Guiándose por la lista, el siguiente es el cirujano Benjamin Church. Al llegar a su casa, Lee y Haytham la ven saqueada y deciden investigar un poco por el barrio. Averiguan que lo tienen retenido en los muelles y van a buscarlo. Lo salvan justo antes de que el matón de un esclavista, "Cutter", lo mate. El último de la lista es John Pitcairn, un soldado. Van a buscarlo a la dotación del Copp's Hill pero se les interpone un viejo amigo de Haytham, Edward Braddock. Finalmente lo rescatan y van todos a la Taberna Green Dragon. Johnson concluye que el amuleto que había traído Haytham es del estilo de una tribu Mohawk, y justamente el esclavista Silas Thatcher los esclaviza. Cuando llega una caravana con más esclavos, el grupo la asalta y llegan al fuerte Southgate, en el Boston Neck. Church acaba con Silas (como le había prometido que haría cuando le encargó a Cutter que lo torturase) y Haytham libera a los prisioneros, entre ellos una chica Mohawk.
En la secuencia 3, Lee y Haytham viajan al pueblo de Lexington, donde ha sido vista la mujer Mohawk. Haytham la encuentra y ella (que sorprendentemente habla inglés) le dice que sabe dónde está la puerta del Gran Templo, pero que sólo se lo enseñará si le ayuda a echar de esas tierras a los "extranjeros", comandados por un hombre al que llaman "El Bulldog" (Braddock). Tras investigar un poco, concluyen que va a liderar una expedición hacia Fort Duquesne. Durante el transcurso de ésta, el grupo reclutado en Boston y algunas tribus de la zona tienden una emboscada al grupo y Haytham asesina a Braddock. La mujer Mohawk, Ziio, cumple su promesa y lo lleva a la Puerta del Gran Templo, pero no ocurre nada. Ambos tienen relaciones sexuales y luego Haytham va a la Taberna Green Dragon. Allí dicen que van a hacer el rito de iniciación de Charles a la orden, que sorprendentemente es de los Templarios. Charles se convierte en un Templario y la secuencia finaliza.
En la secuencia 4, se descubre que Haytham abandonó a Ziio pero que fruto de su amor ha nacido un hijo, Ratonhnhaké:ton. Cuando éste es un niño muy joven, lo encuentra un hombre, al que el joven niño pregunta su nombre. Éste resulta ser Charles Lee, y Ratonhnhaké:ton jura que lo encontrará. El niño vuelve a la aldea y la ve en llamas. Su madre muere y justo antes le dice que sea fuerte. Ratonhnhaké:ton crece y lo vemos cuando ya es adolescente, junto a su amigo de la infancia, Kanetokón. Viven en una nueva aldea y, después de hacer algunas faenas, la anciana del clan lo llama y le muestra un Fragmento del Edén. La diosa Juno le habla y le dice que para evitar la muerte de su gente y la destrucción del mundo debe llevar a cabo una gran misión. Le dice que debe buscar el símbolo de los asesinos. Por eso Ratonhnhaké:ton marcha hacia la Hacienda Davenport.
En la secuencia 5, Ratonhnhaké:ton llega a la Hacienda y le pide a un viejo hombre, Achilles, que le adiestre, pero el Asesino se niega. Finalmente, el joven salva a Achilles de unos ladrones, por lo que el viejo accede a ser su Maestro. El discípulo aprende poco a poco, pero no sólo habilidades: también descubre que debe enfrentarse a los Templarios, liderados por su padre. Achilles y Ratonhnhaké:ton van a Boston y Davenport le cambia el nombre al joven, que pasa a llamarse Ariel Mills. Connor va al colmado y cuando vuelve, los ciudadanos de Boston están provocando disturbios por la Ley del Timbre. Todos los indignados van a la casa de aduanas y, aunque Connor intenta evitarlo, los guardias disparan (por culpa de Charles Lee) a la multitud, produciéndose así la Masacre de Boston. Los guardias creen que Connor ha sido el culpable de todo y lo persiguen, pero es ayudado por Samuel Adams. Connor regresa a la Hacienda con Achilles.
