El Dr. Eggman logra cumplir su cometido de conquistar gran parte del Planeta Mobius tras la derrota de Sonic a manos de un misterioso aliado del Doctor que se hace llamar Inifnite. Para evitar que el planeta caiga bajo las manos del malévolo doctor, Tails, Knuckles, Amy, Silver y los miembros de la agencia de detect...
Tras la guerra contra Eggman e Infinite, el equipo tomó distintos caminos, mientras que la mayoría del equipo ayudó en la reconstrucción del planeta Mobius, Sonic y Shadow se marcharon por su propio camino para buscar las esmeraldas del chaos, pero un mal creciente ha despertado, el odio, la desesperación, la venganza...