En un futuro distópico, Spiderman 2099 y Wolverine unen fuerzas para detener a Omega Cyber, una versión mejorada de Omega Red, enemigo que utiliza sus habilidades cibernéticas para sembrar el caos en Nueva York. Juntos, los héroes deben superar sus diferencias y desmantelar una conspiración que amenaza el futuro de la ciudad.