Hyrule est à nouveau en danger. Ghirahim et Xanto sont de retour pour ressusciter Ganondorf. Pour se faire, le masque de Majora est recherché dans tout Hyrule. Mais lorsque Midona lance un appel à l'aide, Link semble...différent. Malgré les retours du Fléau, notre héros ne cesse de se battre au mieux. Et si...Midona se chargeait de sauver le royaume cette fois...?