La película comienza en la Isla Prisión, donde Shadow, un erizo negro con habilidades excepcionales, escapa de su confinamiento. Se revela que fue creado por el Profesor Gerald Robotnik, abuelo del Dr. Robotnik, interpretado por Jim Carrey. El Profesor busca venganza contra G.U.N. por la muerte de su nieta, María, y planea utilizar el Cañón Eclipse, una poderosa arma capaz de destruir planetas.
Alianza Inesperada y Conflictos
Sonic, junto con Tails y Knuckles, se une al Dr. Robotnik para detener al Profesor y a Shadow. La trama se desarrolla en diversas locaciones, incluyendo Tokio y Londres, donde intentan impedir la activación del Cañón Eclipse. Durante el enfrentamiento, Sonic y Shadow se enfrentan en una batalla épica que los lleva hasta la luna. Finalmente, Shadow se sacrifica para desviar el cañón y salvar la Tierra, mientras que el Profesor Robotnik es derrotado.
Spoilers Sonic 3 la película