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Le Chimpanzé et le Bonobo sont reconnus comme deux espèces distinctes. Le premier vit au nord du fleuve Congo, le second au sud. De plus, le Chimpanzé commun est divisé en 4 sous-espèces alors que le Bonobo n'en compte aucune. Selon l'horloge moléculaire, les deux espèces ont divergé il y a environ 1 million d'années. Les différences principales sont que le Chimpanzé commun est plus grand, plus agressif et vit dans des groupes dominés par des mâles, alors que le Bonobo est plus petit, léger et gracile, plus paisible et vit dans des groupes dominés par des femelles.