Мать Драко Малфоя — волшебница-домохозяйка , отец — глава попечительского совета Хогвартса и Пожиратель Смерти . Он принадлежит к чистокровной семье волшебников. Большинство его родственников, такие, как тетка , разделяли идеи о привилегированности чистокровных волшебников и встали на его сторону.
Драко слышал историю про Гарри Поттера, но познакомился с ним, когда лесничий Рубеус Хагрид впервые привёл Гарри в магазин в Косом переулке. Однако отношения между мальчиками не заладились, когда Драко увидел Гарри в Хогвартсе в обществе Рона Уизли и Гермионы Грейнджер. Драко становится учеником и приближает к себе сыновей Пожирателей Смерти — и , входит в состав сборной своего факультета по квиддичу. Однако напряжённость в отношениях Драко и Гарри нарастает. Так, Драко рассказывает всем про то, что Хагрид хранит дракона Норберта у себя в хижине, издевается над учеником Гриффиндора Невиллом Долгопупсом, обижает Рона Уизли.
На втором курсе обучения он называет Гермиону грязнокровкой, натравливает змею во время поединка с Поттером на тренировке в Дуэльном клубе. Более того, Гарри раскрывает планы Люциуса касаемо открытия Тайной комнаты с помощью дневника Тома Реддла, попавшего в руки сестры Рона Джинни, и занятия поста главы школы, и Малфой-старший лишается звания главы попечительского совета.
Вскоре Гарри сталкивается с дементором из Азкабана, когда ехал на поезде в Хогвартс, и это становится предметом насмешки Драко. Однако сам Драко получает травму от гиппогрифа Клювокрыла на уроке у Хагрида (по собственной же неосторожности) и в итоге Люциус добивается казни волшебного существа. Но Гермиона ставит на место Драко и спасает вместе с Гарри и Роном гиппогрифа, а заодно и сбежавшего из тюрьмы Азкабан анимага Сириуса Блэка — крёстного отца Гарри Поттера.
На четвёртом курсе Драко сталкивается с гриффиндорской троицей на чемпионате мира по квиддичу и пытается напасть на Гарри, ставшего в то время участником Турнира Трёх Волшебников, однако его быстро ставит на место Пожиратель Смерти Барти Крауч-младший, проникший в школу под видом мракоборца Аластора Грюма, чтобы оказать помощь Тёмному Лорду в его возрождении.
На пятом курсе Драко становится старостой Слизерина, а заодно и входит в состав Инспекционной Дружины — организации, созданной членом Министерства магии Долорес Амбридж в целях сохранения порядка в школе. Он принимает участие в раскрытии местонахождения Отряда Дамблдора, который был создан Гарри Поттером для борьбы с Волан-де-Мортом, однако эта миссия проваливается. Сам Гарри под воздействием посланного Тёмным Лордом ложного виде́ния отправляется со своими друзьями в Министерство магии, где сталкивается с Пожирателями Смерти во главе с Люциусом Малфоем, намеревавшимся передать Волан-де-Морту посредством Поттера-младшего пророчество, в котором говорилось про то, что родится мальчик и, став взрослым, одержит победу над Тёмным Лордом. Однако миссия Люциуса Малфоя терпит провал и он сам оказывается в Азкабане, как оказалось, лишь на время.
