4 anos após Sonic & Knuckles, Sonic e seus amigos vão para em um novo mundo após uma luta contra o Robotnik, mas nesse mundo, Sonic e seus amigos enfrentaram Robotnik enquanto procuram as Esmeraldas do Caos.
Sonic está procurando a Quinta Esmeralda do Caos com Tails, Tails pousa em uma floresta, um Badnik fala ao Robotnik que a Quinta Esmeralda do Caos está em Sky Deck, Sonic escuta toda a conversa e descobre onde está a Quinta Esmeralda do Caos, Robotnik manda alguns Badniks para pegar a Esmeralda, Tails decide ir junto com o Sonic, em Sky Deck, Sonic e Tails acabam dando de cara com o Robotnik, eles brigam e Robotnik é derrotado, Sonic corre para procurar a Esmeralda
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Sonic encontra a Esmeralda e é atacado por um Badnik, Sonic consegue pegar a Esmeralda e joga o Badnik de Sky Deck, Robotnik manda todos os Badniks que estão em Sky Deck para derrotar o Sonic e pegar a Esmeralda, Tails aparece atacando os Badniks e foge com o Sonic, Robotnik fica furioso e a ladra aparece, Robotnik volta para delegacia fazer um plano para derrotar o Sonic, mas o presidente manda todos os policiais prenderem o Robotnik por causa do ocorrido em Windy Valley, Robotnik fala para seus Badniks atacarem o presidente e os policiais enquanto ele foge.
