4 anos após Sonic & Knuckles, Sonic e seus amigos vão para em um novo mundo após uma luta contra o Robotnik, mas nesse mundo, Sonic e seus amigos enfrentaram Robotnik enquanto procuram as Esmeraldas do Caos.
Amy decide pegar a Esmeralda do Caos em Hot Shelter para impressionar o Sonic, Amy começa a destruir os Badniks, mas Robotnik está em Hot Shelter, Amy ver o Robotnik passando e decide achar a Esmeralda antes do Robotnik, ela encontra dois caminhos, na esquerda e outra na direita, um tem a Esmeralda e outro não, Amy vai pela esquerda e não encontra a Esmeralda, Knuckles percebe que a Amy desapareceu e começa a procurar ela, Tails e Sonic chegam em Hot Shelter, e Amy entra em um lugar estranho, ela ver que Robotnik pegou a Última Esmeralda do Caos, ela começa a lutar contra o Robotnik para tentar pegar a Esmeralda, Knuckles aparece dando um soco no Robotnik, Robotnik consegue fugir com a Esmeralda, e Sonic e Tails aparecem
Amy"me desculpa, Sonic, me desculpa, Knuckles, me desculpa, Tails, Robotnik fugiu com a Esmeralda do Caos"
Sonic"a culpa não é sua, Amy, você só queria ajudar... eu e o Tails vamos pegar a Esmeralda do Robotnik, vamos, amigão"
Knuckles entrega as Esmeraldas para o Sonic, e Tails sobe no Tornado com o Sonic, e vai atrás do Robotnik,Sonic dá um SpinDash no Robotnik e Robotnik derruba a Esmeralda, Sonic pega a Esmeralda e por está com as Sete Esmeraldas do Caos, Sonic se transforma no Super Sonic
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Sonic ataca várias vezes o Robotnik, Robotnik é derrotado, Robotnik foge secretamente para sua base secreta, Sonic e seus amigos deixam de serem procurados para serem heróis, e as Esmeraldas se separam pelo mundo.
