Samus durante su misión en Zebes. Samus llegó a Zebes y descubrió que para acceder a la base pirata situada en Tourian, debía eliminar a dos líderes piratas; su viejo enemigo Ridley y a Kraid, compañero del anterior. Después de encontrar numerosos artefactos Chozo que hicieron de su traje aun más poderoso, Samus logró llegar a las zonas más profundas de Brinstar, donde encontró a Kraid. Después de una dura batalla, Samus logró derrotarlo. Después, Samus se vio obligada a llegar a las zonas más profundasdel volcán activo, donde se encontró con Imago, una enorme y monstruosa mosca. Samus llegó a la guarida de Ridley minutos antes de que este llegara. Samus, al recordar la muerte de sus padres, atacó con todo su poder a su enemigo. Finalmente, Ridley fue derrotado.
Después de lograr acceder a Tourian, Samus descubrió que los Piratas Espaciales habían subestimado la inteligencia de los Metroid. Un escape masivo se había llevado a cabo en los laboratorios por parte de los Metroid, y todos los piratas que se encontraban en la zona murieron. El Cerebro Madre, que se encontraba protegido por la cápsula que los propios Chozo habían construido, se encontraba intacto. La clonación Metroid se había llevado a cabo con éxito, por lo que la cantidad de Metroid vivos en los laboratorios era asombrosa. Samus intentó matarlos, pero se dio cuenta que ninguna de sus armas tenían efecto sobre las criaturas, excepto el Rayo de Hielo. Una vez congelados, Samus pudo matarlos con facilidad. Samus llegó a la habitación del Cerebro Madre y procedió a destruirlo. Ambos iniciaron una fuerte batalla que Samus ganó. Desafortunadamente, el Cerebro utilizó su último recurso; un sistema de autodestrucción que eliminaría todo Tourian. Samus logró escapar con su nave antes que la base pirata explotara.
Una vez que la nave de Samus llegó a la atmósfera del planeta, naves de batalla de los Piratas Espaciales la emboscaron. Su nave se estrelló en la superficie de Zebes y su Traje fue destruido. Su unica arma era una pistola paralizadora autocargable, casi inútil y su única opción era infiltarse en la Nave Nodriza de los Piratas Espaciales que había aterrizado en un valle cercano, con la esperanza de obtener otra nave y escapar. Desafortunadamente, Samus fue rápidamente detectada por los piratas, quienes alertaron a toda la nave. A pesar de que Samus pudo escaparse numerosas veces, finalmente se vio obligada a retroceder y esconderse en las ruinas de Chozodia.
Explorando las ruinas, Samus se encontró en un templo sagrado que había visitado cuando era niña, y donde se encontró con elGuerrero Chozo Fantasma, el cual la desafió a una prueba que Samus tuvo que superar. Una vez superada, el guerrero le entregó a Samus el Traje Gravitatorio; su Traje a toda potencia. Con más fuerza que antes, Samus arrasó la nave madre de los Piratas Espaciales, asesinando a varios piratas en el camino.
Eventualmente, Samus llegó a la zona de navegación principal de la nave, donde se encontró con Ridley Robot, un enorme y poderoso robot construido a semejanza de Ridley. Samus se vió obligada a destruirlo, y al hacerlo se activó un mecanismo de autodestrucción de la nave pirata. Samus escapó de la nave antes de su explosión, robando una nave de batalla pirata.
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La historia de Samus Aran
RandomMi pasado no es una memoria...es una fuerza en mi espalda. Como en cualquier historia, mi pasado significa propósito. -Samus Aran