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Escondendo-se em franciade

Uma semana depois de seu confronto final contra Germain, Arno, ainda devastado pela morte de Élise, estava escondido em Franciade, bebendo para afastar suas mágoas em uma taberna local. A República Francesa agora era governada por um Diretório e Robespierre havia sido guilhotinado (uma cruel ironia do destino) já tinha uma semana. O assassino foi então contactado pelo Marquês de Sade, que lhe pediu para encontrar um manuscrito feito por Nicolas de Condorcet, escondido no túmulo do Rei Louis IX de França dentro da necrópole real. Durante o encontro na taberna, o Marquês pagou as dívidas de consumo de Arno e prometeu-lhe uma passagem em um navio que deixaria a França e iria para o Egito, em quatro dias, em troca de estudos científicos de Condorcet.

Enquanto procurava o manuscrito na cidade subterrânea, o assassino exilado descobriu que o manuscrito não estava no túmulo e que um grupo de assaltantes de túmulos estavam procurando a entrada de um templo. Após mais investigações, Arno descobriu que o manuscrito foi roubado por um jovem ladrão chamado Léon, e enquanto busca a necrópole, Arno descobriu que ele tinha sido capturado pelos assaltantes por espionar-los.

Escondido, Arno ouviu que os atacantes eram liderados por Philippe Rose e patrocinado por Napoleon Bonaparte, a fim de abrir o Templo sob a Basílica e tomar o Piece of Eden armazenado dentro. Arno, em seguida, salvou o órfão rebelde dos assaltantes e recuperou o manuscrito, mas estava relutante em se envolver com Bonaparte, querendo deixar a França acima de qualquer outra coisa. Se decidiu após visões de Élise e argumentos do menino, assim como a necessidade imperiosa de salvar a França. Arno finalmente decidiu parar os atacantes de adquirir o artefato antes de partir para o Egito.

Após encontrar o local do templo e roubar a chave de um dos oficiais de Napoleon, Arno foi capaz de abrir a porta que conduz a ele, mas foi emboscado por Rose, que pretendia tomar o artefato para si mesmo. Arno caiu na profundidade da necrópole, mas sobreviveu e conseguiu chegar ao templo antes do líder dos assaltantes pudesse tomar o Piece of Eden.

Arno, em seguida, matou Rose, recuperou a Cabeça de Saint Denis e usou seu poder para repelir os numerosos assaltantes e escapar do Templo. Mais tarde, tal como acordado, Arno encontrou o Marquês de Sade na taberna e deu-lhe o manuscrito de Condorcet. No entanto, ele repagou a sua dívida por bebidas com uma Louis d'or e saiu sem dizer uma palavra, tendo decidido permanecer na França. Arno também contactou a Irmandade, pedindo-lhes para entregar a Apple of Eden contida na Cabeça de Saint Denis para Al Mualim (O Mentor) da Irmandade dos Assassinos Egípcios, além do alcance de Bonaparte.