La saga Assassin's Creed transcurre durante el año 2012 y cuenta con Desmond Miles como protagonista principal. Miles es el último de un extenso linaje perteneciente a la milenaria Orden de los Assassins o Asesinos. Pero a pesar de haber sido educado como uno más de la orden, Miles decide abandonarla en pos de una vida tranquila y normal como encargado de la barra de un bar. No obstante, la mega corporación Abstergo Industries, que no es otra cosa que la encarnación moderna de la legendaria Orden de los Caballeros Templarios, conoce el secreto de Miles y decide raptarlo. El objetivo de Abstergo Industries no es otro que obligar a Miles a hacer uso de un dispositivo denominado como Animus, el cual le permite tener acceso a sus recuerdos ancestrales a través de su ADN. Con ello, Abstergo pretende desenterrar la localización de unos poderosos artefactos denominados como Frutos del Edén, los cuales les otorgarían un poder ilimitado con el que dominar el mundo y cambiar su destino. Pero en el último momento, Miles es rescatado por unos miembros de la encarnación moderna de la Orden de los Asesinos, y llevado a un lugar seguro. Desmond acepta colaborar con la Orden haciendo uso de su propia versión del Animus, el Animus 2.0, con el fin de localizar las Frutos del Edén antes que Abstergo.
Es importante destacar que como efecto secundario del uso del Animus, Miles adquiere habilidades de los sujetos cuyas experiencias revive, si bien también sufrirá de ciertos trastornos de personalidad y múltiples y confusos recuerdos en su memoria. En el primer Assassin's Creed, Miles accede a la memoria ancestral de uno de sus más ilustres antepasados: el Maestro Asesino de la Tercera Cruzada, Altaïr ibn-La'Ahad quien, curiosamente, resulta en un principio caído en desgracia y repudiado. Por su parte, en Assassin's Creed II Miles revive las experiencias de Ezio Auditore da Firenze, un Asesino de la Italia del Renacimiento
