Kisah bermula apabila BoBoiBoy datang untuk bercuti di Pulau Rintis dengan tujuan asal untuk membantu datuknya Tok Aba menjaga kedai kokonya. Di situlah dia mula-mula bertembung dengan Adu Du dan konco-konconya Probe dan Komputer yang datang ke Bumi untuk mencari koko sebagai sumber tenaga, dan pada masa yang sama dia menemui Ochobot dari kapal angkasa mereka yang memberikannya kuasa super yang memanipulasi tiga elemen. BoBoiBoy turut berkawan baru dengan Ying, Yaya dan Gopal dan mereka turut menerima kuasa super tersendiri daripada Ochobot untuk menangkis pelbagai ancaman oleh geng Adu Du ke atas Bumi.
Barisan adiwira dilengkapi lagi dengan keluarnya watak permainan video bernama Papa Zola yang berjiwa waja dan mencuit hati dari permainan video. Kemuncak musim pertama adalah sebelum BoBoiBoy pulang ke ibu kota, dia menang dalam melawan Adu Du dengan Robot Pemusnah Mukalakus (yang diperoleh daripada menggadaikan kapal angkasanya).hahaha.
Oops! This image does not follow our content guidelines. To continue publishing, please remove it or upload a different image.
