Flygon ha un aspetto rettiliano
con caratteristiche simili a quelle di un insetto, il corpo è verde chiaro con parti più scure come le due corna che sono puntate verso la parte dietro della testa e sono dritte, la parte superiore delle gambe e la punta dei piedi sono prive di dita, la coda è segmentata e i colori verdi si alternano tra chiaro e scuro
finendo in tre punte rombiche verde chiaro con i contorni rossi, ha anche braccia molto piccole
con tre dita artigliate e due grosse ali romaniche verde chiaro con contorno rosso,
gli occhi neri sono coperti da una membrana rossa.