Aunque Maradona ya había recibido anteriormente ofertas para jugar en otros clubes, recién en 1981 se encontraba decidido a abandonar Argentinos Juniors. La oferta más importante la había realizado River Plate, quien además le ofrecía ganar el mismo dinero que el jugador mejor pago del club, Ubaldo Fillol. Sin embargo Maradona quería ser transferido a Boca Juniors, un club que pasaba por una mala situación económica y no se encontraba en condiciones de comprar su pase. Finalmente fue cedido a préstamo por un año y medio a Boca, club que se reservaba la opción de compra.[33]
El contrato se firmó el 20 de febrero y debutó dos días después, nuevamente frente a Talleres. A diferencia de su debut con Argentinos, esta vez se desquitó y, con dos goles suyos, Boca superó a su rival por 4:1. Maradona jugó ese partido infiltrado, ya que durante el último entrenamiento con Argentinos había sufrido una molestia muscular en su pierna derecha. Sin embargo continuó jugando hasta que el 8 de marzo se le detectó un pequeño desgarro, que lo alejó de los estadios hasta el 29 de ese mes. Días después de su recuperación, el 10 de abril, jugó su primer superclásico frente a River, en La Bombonera. El partido se disputó una noche lluviosa y terminó con el triunfo de Boca por 3:0, con dos goles de Miguel Brindisi y uno de gran calidad de Maradona, en el que dejó por el piso a Fillol y Tarantini con sucesivos amagues y gambetas.
En sus primeros meses en Boca, Maradona sufrió varios inconvenientes. En un principio la relación con Silvio Marzolini, al igual que con muchos de los entrenadores que lo dirigieron, no era del todo buena ya que no le brindaba las mismas prerrogativas que poseía en Argentinos, y tenía ciertas exigencias, en cuanto a concentraciones y entrenamientos, que Maradona no soportaba. Además, el equipo sufría presiones de La 12, la barra brava de Boca. En una ocasión, tras empatar cuatro partidos en forma consecutiva, el jefe de la barra José Barritta, apodado El Abuelo, ingresó armado junto a varios integrantes de la hinchada para exigirles mejores resultados.
A pesar de estas presiones, el equipo logró hacer una buena campaña. El 9 de agosto, una fecha antes del final del Metropolitano de 1981, Boca tenía la posibilidad de consagrarse campeón si conseguía un empate frente a Rosario Central, en Rosario. Sin embargo, el partido, en el que Maradona erró un penal, terminó con un triunfo de los rosarinos por 1:0. La revancha sería una semana después frente a Racing Club de local, encuentro que terminó 1:1 y le brindó su único título conseguido en el fútbol argentino.
El Campeonato Nacional de 1981 fue un fracaso, ya que el equipo cayó en los cuartos de final frente a Vélez Sarsfield. Esta mala actuación se debió a la gran cantidad de partidos amistosos que disputaba Boca para mejorar su situación económica, que terminaron agotando a los jugadores. En enero de 1982 se disputó el Torneo de Verano, donde Maradona jugaría sus últimos encuentros en Boca ya que luego debió concentrarse con la selección para el Mundial de España. El último partido fue el 6 de febrero frente a River, el que finalizó con una derrota. Se alejaría de Boca Juniors jugando 40 partidos y convirtiendo 28 goles.
