Cuando llegan a territorio de la república, aterrizan en naboo, cuando llego la nave a superficie terrestre, el joven padawan sale de la nave y corre al castillo de naboo para poder ver a su maestro y en qué estado estaba cuando lo ve les dice a los médicos: "déjenme entrar por favor", después de eso el con los maestros Fisto y Luminara avisaron al consejo jedi sobre esa enorme base que cubría casi todo el planeta, y que debían destruirla a toda costa.
Entonces el consejo jedi manda al maestro windu y al maestro kenobi a encabezar el ataque. Mientras tanto en Coruscant las tropas se preparan para comenzar el ataque, pero el malvado darth sidious les aviso a los separatistas sobre el ataque para que estuvieran preparados para el ataque de la república.
Ya estaban saliendo las naves de la república, en naboo el jedi anakin skywalker aún seguía en coma, su aprendiz quería ayudar como su maestro lo ayudo a él; así que él toma un interceptor ligero Eta-2 clase Actis sin la autorización del consejo jedi y fue a realizar el ataque con la república, él se hizo pasar por un clon en el ataque. Cuando llegan al territorio donde estaba la base en thyferra, pero lo que no sabían era que los estaban esperando con miles de naves droides así que cada escuadrón tuvo que dispersarse para atacar las base, la legión 501 comandada por el capitán rex hizo un ataque frontal a la enorme base separatista; lograron acercarse a la base y atacar aunque no fácilmente tuvieron que luchar con cazas separatistas.
El maestro Fisto al descubrir que el padawan se fue aviso al consejo jedi, pero no se pudo hacer nada para sacar a Colju del ataque a la base separatista. Mientras tanto en el combate espacial cada vez más naves de la republica eran destruidas, así que la 501 dejo algunas naves para acabar con los cazas droides mientras que el capitán rex y otros clones como cincos o eco fueron a atacar la base, entre ellos estaban el pequeño padawan.
Lo que se sabía de la base era que tenía algunos puntos de débiles así que si se destruían toda la base junto con el planeta iba a explotar así que cada uno ataco ese punto , cada vez se quedaban más y más sin naves , los destructores de la república tuvieron que abandonar la batalla por que sabían que no la iban a ganar , pero la 501 continuo con su ataque lograron acabar con la mayoría pero quedo uno , y los únicos que quedaban de la 501 eran eco , rex y cincos ellos se iban a retirar , pero el padawan les dice : chicos necesitamos acabar con esta base ahora o nunca podremos , Rex : espera eres el aprendiz de skywalker , Colju : luego le dices al consejo jedi , Rex : de acuerdo vamos , entonces lograron destruir el punto final , pero sabían que los rodeaban , así que el padawan les dice : necesitamos saltar a velocidad de la luz, Eco : quieres que saltemos a velocidad de la luz desde la superficie de un planeta , Rex : como skywalker , hazlo Eco . Y lograron llegar a territorio seguro.
