Madison Beer nació el 5 de marzo de 1999 en Jericho, Long Island, Nueva York. Hija de Robert Beer, un constructor de casas de lujo, y Tracie Beer, diseñadora de interiores. Tiene un hermano menor, Ryder. Sus padres están divorciados y Robert volvió a casarse.
Beer estudió en Jericho Middle School hasta que en 2012 continuó sus estudios desde casa. Madison Beer es judía con ascendencia asquenazi .