Quizás seas más avanzados ee estudios que yo pero aun asi hay otro que no y pues...
Mejor comencemos :'/
La diferencia aunque parezca que no haya es que el ato son cosas mas simples como H que sería Hidrógeno o Bi que seria Bismuto, Una molecula es la union de uno o mas átomos, el ejemplo mas conocido es el típico H2O que para los cabezotas es 2 átomos de Hidrógeno (por eso el 2) y un átomo de oxigeno.
Hay mas moléculas difíciles, pero no.