Operación: PRIMER ATAQUE
Después de la destrucción de Alfa Halo, el jefe y Cortana flotaron en el espacio en elLongsword con el que escaparon de Halo. Descubrió tres tubos cryogénicos flotando cerca de él. Dentro de uno estaba Linda, y los recobró. Poco después, la Nave Insignia Covenant Ascendant Justice entró al sistema junto con unos cruceros. Un Pelican cercano disparó al crucero para distraerlo. John conectó a ambas naves y trajo a sus pasajeros a bordo del Longsword. Otros sieteayudaron a John en la captura de una de sus naves, finalmente encontrándose con los Rebeldes Eridanos y destruyendo la estación espacial Covenant Unyielding Hierophant.
John se encontró en un dilema acerca de la información de combate del Flood. Con información regular, e incompleta, protegería al Sargento Johnson de una posible experimentación por la ONI, mientras sobrevivía a la infección Flood debido a complicaciones por el Proyecto ORION.
John y los pocos Spartans restantes, Linda,Grace, Will, y Fred, se concentraron en encontrar una manera de evitar que elCovenant llegara a la Tierra, la cual ya se había descubierto. Decidieron destruir a la nave de batalla Covenant Unyielding Hierophant. Los Spartans infiltraron la nave, y después de once horas a bordo encontraron un templo, donde una copia de Cortana les avisó de un nuevo tipo de guardia conocido como "Brutes". Linda tomó un puesto de tiro y los otros cuatro entraron al templo. Son emboscados por Brutes, y John casi muere, pero logra matar a sus atacantes. Grace es asesinada por una Escopeta Brute que los Capitanes Brutes usaban mientras John activaba el seguro en su armadura.
El equipo saboteó el generador en la Hieropant mientras escapaban por una puerta lateral. Se activó el seguro en la armadura de Grace, desintegrando a variosElite y muchos Grunts. John, Fred, y Will fueron vistos por tres Banshees, pero sus pilotos fueron inmovilizados por el rifle de Linda. Las Banshees fueron capturadas por los Spartans. John regresó por Linda, quien mató a otros cuatro elites que trataban de matar a John. Ellos rápidamente escapan, y llegan a la UNSC Gettysburg. El Vice Almirante Whitcomb y el Teniente Haverson pilotearon la Ascendant Justice directamente hacia la Unyielding Hierophant. Whitcomb discute sobre El Alamo y Thermopylae con John, y se prepara para pelear contra los Covenant mientras los reactores de fusión de la Unyielding Hierophant se detonan. Cada una de las cinco mil naves Covenant toman maniobras al lado de la Ascendant Justice, y el Almirante toma una SMG. El Almirante y el Teniente mueren cuando los reactores de fusión explotan. La nave evaporiza a cuatrocientas ochenta y ocho naves de la flota Covenant, dejando a una docena muy dañadas como para invadir a la Tierra. John se va después de ver el sacrificio de Whitcomb, y regresa a la Tierra con los últimos miembros de su equipo, Linda, Will, y Fred.
Primera Batalla de la Tierra
El Jefe Maestro en la Estación Cairo
A bordo de la Estación Cairo, John recibió suMJOLNIR MARK VI y atendió a una ceremonia de premiación. La ceremonia fue interrumpida por la Primera Batalla de la Tierra. John expulsó a los invasores Covenant de la estación, lo que permitió queCortana accesara y desactivara la bomba de demolición enemiga. Entonces "les regresó la bomba a los Covenant" lanzándose desde una de las bahías de lanzamiento de la estación junto con la bomba, hacia una nave de guerra Covenant. Justo cuando se acercaba, dos interceptores Longsword hicieron un agujero en la armadura de la nave, permitiendo que John dejara la bomba en la fuente de poder de la nave.
John entonces se dirigió a Nueva Mombasa, el Protectorado de África del Este a bordo de la UNSC In Amber Clad contra las fuerzas terrestres Covenant. Su Pelican fué golpeado por el rayo del cañón principal de un Scarab. John y los otros Marines sobrevivientes lucharon hacia los otros Pelicans restantes. Después de un encuentro con el Sargento de Artillería Pete Stacker en el Hotel Zanzibar, en Antigua Mombasa, El Jefe Maestro destruyó a unidades Covenant alrededor de la ciudad mientras sigue las huellas del Scarab. Llegando al borde de la Antigua Mombasa, John recibió un Tanque Scorpion por parte de Johnson.
Peleando a través de numerosas carreteras y suburbios, John llegó al centro de la ciudad, donde los Marines bajo el comando del Sargento Banks eran atacados. Con la ayuda de los Marines y una gran cantidad de armas, John abordó y destruyó el Scarab. Entonces, el Jefe Maestro es transportado a la UNSC In Amber Clad para interceptar la nave del Profeta del Pesar. Cuando la nave insignia empieza a entrar al Túnel Espacial, a laComandante Miranda Keyes se le da permiso para seguirla. Todos a bordo de la In Amber Clad son llevados a la Instalación 05, pero al cerrarse el portal, una explosión cataclísmica de alta magnitud destruye Nueva Mombasa.
Instalación 05
Forzado a actuar rápido en Instalación 05, John usó un VIIE con varios ODSTs, con la misión de localizar y asesinar al Profeta del Pesar. Cortana le informó de la intención de Pesar de activar el anillo. Persiguió al profeta a un templo en el medio de un lago, pero no sin antes ver a cientos de cruceros Covenant salir del Túnel Espacial, seguidos por Gran Caridad. Rápidamente acabo con Pesar, y escapó del templo poco antes de que fuera destruido por una nave Covenant.
Perdió la conciencia, haciéndole imposible que nadara, fue capturado junto con el inquisidor por un tentáculo perteneciente alGravemind del Flood. El Gravemind compartía el mismo interés que el de los humanos-que el sistema Halo no fuera disparado. John aceptó. El Gravemind entonces les ordenó que localizaran el Indice, enviando a los dos a los lugares mas probables. John fue enviado a Suma caridad, interrumpiendo un sermón del Profeta de la Verdad. En realidad, era la menor de sus preocupaciones; el conflicto entre los Elites y los Brutes estaba llevando al Covenant a una guerra civil. John estaba en el medio.
Finalmente, John encontró a los Profetas y sus escoltas, aunque sólo un moribundoProfeta de la Piedad (cortesía de una Forma de Infección Flood) quedó para decirle que Verdad se dirigía a la Tierra. En un instante, John estaba entre la espada y la pared; por una parte, el Covenant tenía el Indice y podía activar Halo. En la otra, las posibilidades de la Tierra de aguantar el ataque de la flota de Verdad eran de bajas a nulas. Al final, siguió a Verdad, forzado a abandonar a Cortana atrás para que si Halo era activado, detonara los motores de "In Amber Clad". John aborda la nave Forerunner, con curso a la Tierra.
Segunda Batalla de la Tierra
Jefe Maestro en la Autopista Tsavo
Después de una serie de combates, capturas y escapes, John escapó de la nave de Verdad y se estrelló en la Tierra, donde fue encontrado por el Sargento Johnson, el Inquisidor, y el resto de su equipo. Aunque parecía muerto,El Jefe Maestro estaba despierto y listo para pelear minutos después. Trato de atacar al Inquisidor, pensando que todavía era un enemigo. Johnson le informó que ahora eran aliados, ya que el desilusionado Inquisidor había desertado del Covenant.
John y los Marines viajaron a través de la jungla, buscando evacuación a una base militar cercana. Johnson y su equipo se separaron de John y el Inquisidor, y después fueron capturados por los Brutes Covenant y rescatados por John y el Inquisidor. Después de haber recibido disparos de una Phantom, un Pelican los evacuó a la base del UNSC.
En la base, la Comandante Miranda Keyesdecidió evacuar a todas las fuerzas que estaban heridas. John, el Inquisidor y el UNSC peleó y defendió la base durante la evacuación, plantando una bomba para destruir la base junto con las fuerzas Covenant. Master Chief derrotó a muchos Brutes, escapando de la explosión en un elevador. Se reunió con varios Marines sobrevivientes bajo tierra, y escaparon de la base dirigiéndose a la ciudad de Voi.
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La historia de "Master Chief (Jefe Maestro)"
Action"Me dejaron escoger. ¿Te lo conté alguna vez? Escogí el Spartan que quise. Ya me conoces, investigué, observé mientras te convertías en el soldado que necesitábamos que fueras. Al igual que los demás; eras fuerte, rápido y valiente. Un Líder Nato. P...