Batalla de Voi
En la batalla de Voi, John se hizo su camino a través de fuerzas leales hasta donde se creía que estaba el Arca. John destruyó un arma AA Covenant, Wraiths Anti-Aéreos y un Scarab, permitiendole a las naves de Lord Hood que dispararan a las defensas de Verdad. Verdad escapó a través del Portal con sus fuerzas leales, mientras el UNSC se quedó atrás decidiendo su próximo movimiento.
Justo cuando la Batalla de la Tierra parecía haber acabado, una nave de guerra Covenant infestada por el Flood se estrelló en Voi. John peleó tratando de contener la infección, aprendiendo que la única manera de hacerlo era destruyendo la nave. Durante la batalla, elMaestro de Nave Rtas 'Vadum llegó a ayudar al UNSC. Él destruyó al Flood mientras el Jefe Maestro fue enviado a recapturar a Cortana de la nave, que estaba bordo. Auxiliado por343 Guilty Spark, John recuperó un artefacto de información dañado y regresó al Shadow of Intent. Esta información resultó ser un mensaje, en vez de Cortana misma. Los Elites lograron parar la infestación Flood cristalizando parte de África, lo que no le agradó mucho a Lord Hood.
Los Elites y el UNSC miraron la grabación de Cortana, que contenía una advertencia de que Suma Caridad, ahora bajo el control del Gravemind, se dirigía a la Tierra. Pero dio esperanza, con información de una manera de parar la activación de los Halos y neutralizar la amenaza Flood. Convencido de la credibilidad del mensaje de Cortana, John decidió que debía ir al Arca mientras Hood movilizaba las fuerzas restantes del UNSC en la Tierra. John acompañó a una fuerza de ataque UNSC-Separatistas a través del Portala bordo de la UNSC Forward Unto Dawn al Arca.
Batalla del Arca
Los Élites transportaron a las fuerzas del UNSC a través del Portal al Arca. El equipo estaba determinado a eliminar a Verdad que trataba de activar a los anillos restantes. Descendieron en Pelicans a la superficie del Arca para encontrar al Cartógrafo Silencioso, eliminando a los leales Covenant y asegurando una zona de aterrizaje para la Forward Unto Dawn. Viajando en Tanques Scorpion, John y otros Marines localizaron el Cartógrafo y supieron que Verdad se encontraba en una Ciudadela. John, el Inquisidor, y tropas unidas asaltaron la fortaleza.
John peleó contra fuerzas leales y alcanzó lo más alto de la torre, donde desactivó una parte del escudo de la localización de Verdad. Johnson fue capturado, pero no asesinado, siendo salvado para servir comoReclamador. John, el Inquisidor, y los Elites desactivaron la última torre de la ciudadela mientras Gran Caridad salía del túnel espacial, trayendo al Flood a la batalla y dañando a la Shadow of Intent.
Entrando a la Ciudadela, John y el Inquisidor llegaron a la localización de Verdad, dondeMiranda Keyes había entrado a través de la ventana con su Pelican. Alcanzó a matar a un Brute, pero fue rápidamente rodeada. Verdad mató a Keyes con un Spiker cuando intentó matar a Johnson. Johnson fue obligado a activar los anillos por Verdad. Pero John y el Inquisidor hicieron una alianza temporal con el Flood para evitar la activación de los Halos. Las últimas defensas Brute fueron derrotadas por el Flood mientras John y el Inquisidor alcanzaban a Verdad. Verdad fue infectado por el Flood y fue asesinado por el Inquisidor mientras El Jefe Maestro desactivaba los anillos.
El Gravemind se reveló, riéndose mientras lograba detener su propia destrucción antes de atacar a John y el Inquisidor. Los dos escaparon. Mientras abandonaban la ciudadela, John vio una visión de Cortana que lo llevó a la salida. Se enteró de que un reemplazo para la Instalación 04 estaba siendo construida en el Arca. Decidió regresar a Suma Caridad para sacar a Cortana.
En Gran Caridad, John peleó a través de cientos de fuerzas Flood para llegar a Cortana, que todavía tenía el Indice de Activación del primer anillo Halo. John regresó a la entrada e hizo que la ciudad explotara. En su salida, detectó una unidad amistosa que resultó ser el Inquisidor. Mientras Gran Caridad era destruida, el Flood se creía derrotado, pero no destruido.
Disparando el Reemplazo de la Instalación 04
John obvserva la muerte de Johnson
La última tarea para John, el Inquisidor, y Cortana era destruir al Flood activando elreemplazo de la Instalación 04. Los tres aterrizaron en Halo, descubriendo que el Flood no había sido derrotado, sino que se trataba de reconstruir en Halo. Cápsulas de Dispersión Flood soltaron a Formas de Combate Flood en batalla contra John y el Inquisidor, forzándolos a pelear su camino a la torre donde el anillo podía ser destruido. Durante la batalla, el Sargento Johnson llegó a Halo a bordo de la UNSC Forward Unto Dawn.
Johnson ayudó al Jefe y al Inquisidor a pelear usando un Láser Spartan. 343 Guilty Spark abrió la puerta al cuarto de control y dejó al Flood fuera. Pero, ya adentro, Guilty Spark se dio cuenta de que el equipo intentaba disparar el anillo antes de que pudiera ser completado, y que no intentaban activar todos los anillos como fue impuesto por los Forerunners. Su "protocolo" lo forzaba a parar a Johnson de activar Instalación 04. Le disparó a Johnson, encerró al Inquisidor fuera del cuarto, e intentó matar a John. John mantuvo su lugar y peleó. Justo cuando el monitor parecía invulnerable, Johnson le disparó al Monitor, distrayendolo temporalmente. Entonces soltó el láser, y John acabó con Guilty Spark. Las heridas de Johnson eran graves, y le pidió a John
John y el Inquisidor saltan a una Fragata para poder escapar de Haloque lo "matara con un disparo" después de entregarle el chip de información de Cortana e implorarle: "No te atrevas a dejar que se vaya".
Cortana activó Instalación 04 y abandonaron a todo el Flood combatiente de Halo. Cortana y el Inquisidor le dieron sus condolencias por la perdida de Johnson. Abordaron la Forward Unto Dawn y escaparon de la explosión de Instalación 04. Pero el Portal Espacial no pudo sostenerse durante la explosión, y su cierre partió a la nave en dos, enviando al Inquisidor a la Tierra y dejando a John y Cortana en un lugar desconocido.
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La historia de "Master Chief (Jefe Maestro)"
Action"Me dejaron escoger. ¿Te lo conté alguna vez? Escogí el Spartan que quise. Ya me conoces, investigué, observé mientras te convertías en el soldado que necesitábamos que fueras. Al igual que los demás; eras fuerte, rápido y valiente. Un Líder Nato. P...