Ratonhnhaké:ton vadiden ayrılıp eski ve yaşlı bir suikastçının yanına gidiyor Achilles'in yanına.Achilles başta onu reddediyor.Bunun üzerine Ratonhnhaké:ton bir grup haydutu yere seriyor.Haydutların patronu gelip Ratonhnhaké:ton yere seriyor bunun üzerine Achilles Hidden Blade'ini takıp Ratonhnhaké:ton'u kurtarıyor.Daha sonra onu eğitmeye başlıyor.Bi süre sonra Animus bağlantısı kesiliyor.
Shaun bir küp daha bulduğunu söylüyor.Bunun üzerine Desmond ve ekibi Manhattan'a gidiyorlar.Desmond biraz atlayıp zıpladıktan sonra küpe ulaşıyor.Arkasından da elinde silahla Daniel Cross geliyor.Küpü vermesini yoksa öldüreceğini söylüyor Desmond'a.Desmond Ezio'dan kazandığı yeteneklerini kullanıp Daniel Cross'u deviriyor ve kaçıyor.
Desmond anahtarı bulmak için Ratonhnhaké:ton'a geri dönüyor.Ratonhnhaké:ton ilk defa şehre iniyor ve Achilles ona Connor ismini veriyor.Connor şehirde babasını yani baş düşmanını görüyor.Babası onun öldürülmesini söylüyor askerlere.Bunun üzerine biz de kaçıyoruz.Davenport'a geri döndüğümüzde Achilles ona eğitiminin tamamlandığını söylüyor ve Suikastçı Kıyafeti'ni veriyor.Connor ile geçirilen bir kaç gün sonunda.Shaun 2. bir küp bulduğunu söylüyor.Bunun üzerine Desmond Brezilyaya gidiyor.
