O sırada, görevini tamamladığı için Desmond Animus'tan uyandırılır. Farkına varır ki Abstergo günümüzün Tapınak Şövalyeleri organizasyonudur. Abstergo şimdi Altaïr'in haritasında görünen noktalarda yer alan diğer Cennetin Parçaları'nı arayacaktır. Bu sayede 2012'de olabileceği varsayılan dünyanın sonu durumunun gerçekleşmemesi için tüm insanları kontrol altında tutabileceklerdir. Desmond'un hayatı, Abstergo'nun bir çalışanı sanılan ancak aslında bir suikastçi olan Lucy Stillman tarafından kurtarılır. Kilitli odasında kalan Desmond, atası Altaïr olarak zaman geçirmiş olduğundan "kartal görüşü" yeteneği kazanmış ve kendisinden önce üzerinde çalışılan Denek 16 tarafından duvarlara yazılmış "kan izleri"ni görmüştür. Tüm Haşhaşilerin sahip olduğu bu yetenekle gördüğü izler kendisinden önceki Denek 16 tarafından kanla duvarlara ve yerlere yazılmış olan, dünyanın sonunun geleceğine dair kehanetlerde bulunan çeşitli mesajlardır.
