Bir barmen olan Desmond Miles, Abstergo Şirketi tarafından kaçırılır. Orada Animus adlı, kullanıcısının atalarının genetik hafızasını tekrar canlandırabilen bir makineye zorla bağlanır. Desmond'un üzerinde, Üçüncü Haçlı Seferi döneminde yaşamış bir suikastçi olan atası Altaïr Ibn-La'Ahad hakkında bilgi almak üzere çalışmaya başlarlar. Animus'un içinde, Altaïr'in anılarını ortaya çıkartır ki, kendisi bir tapınaktan önemli bir artefaktı almak isteyen Robert de Sable'i durdurmak istemektedir. Ancak bu sırada Suikastçı Kardeşliği'nin üç yeminini de bozar. Kardeşliğin lideri, Al Mualim, Altaïr'in rütbesini çıraklığa düşürür ve eski saygınlığını kazanması için dokuz kişiye suikast düzenlemesini ister.
