-Esta historia ocurre después de los sucesos del Megaman X8- "Por el año 21XX, un nuevo virus peligroso se a esparcido por todo el mundo, haciendo que la mayoría de reploids se volviesen mavericks violentos o directamente se morían por los efectos del virus. En esos tiempos, la humanidad ya se había extinguido... X, junto con su único y mejor amigo Zero, dos robots que fueron ex-miembros de los Mavericks Hunters, van en busca de reploids sobrevivientes en un mundo postapocalíptico. Ellos sabían que ya no había ningún ser humano en la tierra, sin embargo... se toparon con la sorpresa de que si había uno..." (quise crear mi propio final para la saga, ya que el juego quedó con un final inconcluso)