La felicidad es algo difícil de conseguir y fácil de perder. Shinji y Mio Takamiya son perseguidos por DEM, y sus líderes quienes buscan apoderarse del poder del Espíritu del Origen, y asesinar a su protector y compañero. Con lo poco que tienen, ambos deberán hacerle frente a la organización que busca erradicar a la raza humana y crear un mundo nuevo. Todo esto a su vez que, una amenaza mayor pone en peligro la existencia de su universo y en especial, a la propia Mio.
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