Com o planeta Terra queimado pelo sol e o avanço do vírus fugor, um novo comando seria aplicado em todo o planeta. Crianças imunes ao fugor eram retiradas de seus pais para uma nova implementação de possível cura. Os menores passariam por um teste com três fases para assim serem a cura do novo vírus. Claire, a primeira garota em 3 anos a ser jogada para o labirinto, sem memórias e sem lembranças. A medida com que Claire conhece todos da clareira, as coisas começam a ficar confusas e complexas, já que passou a desvendar mistérios após a catástrofe. E ainda mais embaraçoso, algumas breves lembranças do rosto do novato passavam por sua mente, e pensava oque eram antes do labirinto. Mais descobertas feitas e teorias criadas, juntaram todas as poucas lembranças que tiveram e descobriram que o labirinto era apenas a primeira fase de muitas e o CRUEL era o verdadeiro culpado por tê-los mantido na clareira por três anos.