Tras escapar de El Laberinto, Thomas y sus compañeros llegan en helicóptero a un recinto desconocido que está siendo atacado por los 'raros' o humanos infectados. Allí los recibe el señor Janson, quien les anuncia que es el director del lugar, un refugio en el que estarán protegidos de CRUEL, o eso es lo que creen. Segunda parte