Pacem, « paix » en latin, fière nom d'une organisation œuvrant pour la paix à travers les galaxies. Dans leurs rangs le Capitaine EO et son fidèle équipage de retour à leur base après une mission périlleuse pour un repos bien mérité. Les voila de nouveau chez eux à Eden, ville-vaisseau devenue le symbole du progrès, de la collaboration et de l'entente entre les peuples de l'univers. Mais ce moment de calme est vite perturbé par l'arrivée d'une nouvelle recrue au sein des troupes et dont le capitaine est chargé de former à leur combat pour un monde de paix et de justice. Sauf qu'en plus d'être encore plus têtue et insolente que le capitaine, la jeune demoiselle ne cesse de vouloir lui faire comprendre qu'il vit dans un monde d'illusions, et que le noble combat que Pacem leur fait faire n'est qu'hypocrisie et mensonges... Et si Eden, le nouveau paradis, cachait en réalité quelque chose de plus sombre? Quels secrets peuvent bien cacher leurs supérieurs quand à leur soit disant combat pour la paix pourtant si noble en apparence et important aux yeux du Capitaine et son équipage? Et si les alliés étaient finalement les ennemis...