2006-2007 sezonu başında kendisine ilk 11'de sağlam bir yer edinen Messi, genç yaşına rağmen oynadığı 26 maçta toplam 14 gol atarak takımdaki yerini sağlamlaştırdı. Fakat şanssızlıklar genç oyuncunun peşini bırakmıyordu, bu sezonda da metatarsal kemiğini kırarak üç ay kadar sahalardan uzak kalmak zorunda kaldı.
Sakatlığının sona ermesinin ardından sahalara ilk döndüğü maç olan Barcelona-Real Madrid nam-ı diğer El Clasico maçında üç gol birden atarak İspanyol Ligi'nde en genç yaşta hat-trick yapan futbolcu olarak tarihe geçti. Bu sezondaki başarılı performansı, otoriteler ve taraftarlar tarafından "Yeni Maradona" olarak anılmasına yol açtı.
