2005-2006 sezonunda Barcelona, Messi'nin kontratını değiştirdi; yeni kontratı ona 2014 yılına kadar bu klüpte oynama şansı ve de daha iyi bir kazanç sağlıyordu. 26 Eylül 2005 tarihinde, Messi İspanyol vatandaşlığına kabul edildi.
17 lig maçında yeşil sahaya çıkan ve bu maçlarda toplamda altı gol atarak tamamlayan genç futbolcu, sağ uyruğunda oluşan kas yırtılması nedeniyle 7 Mart 2005'te sahalara veda ederek sezonu yarıda kapatmak zorunda kalmıştır.
