Mentre Eggman si commisurata per i suoi fallimenti, Eggman Nega, tornato dal futuro, disse al fratello che per eliminare Sonic e gli altri dovevano collaborare.
Eggman Nega: Credo di avere un piano... Vieni subito qui metal sonic!
Metal Sonic 3.0 andò subito dopo aver ricevuto il comando.
Eggman: Cosa me ne devo fare del tuo robot? Io ho già il mio! Metal! Vieni subito!
E così arrivò anche il secondo metal sonic.
Eggman Nega: Pensa: se unissimo i nostri robot potremmo avere un robot più potente del mio e del tuo messi insieme!
Eggman: Ah... ho capito! Ohohohoh!
Allora Eggman programmò una macchina di fusione per unire i loro robot.
Eggman: Ho finito! Metal Sonic! Preparati per essere unito alla tua copia del futuro!
Metal Sonic allora, insieme a Metal Sonic 3.0 entrò nella macchina e un bagliore avvolse i robot. La macchina funzionava: ora i robot erano uniti e il loro nome fu Metal Sonic 4.0. Quella era la versione decisiva e più potente. Tails captò un segnale molto forte dal laboratorio e avvertì Sonic, Shadow e Silver. I ricci allora corsero verso il segnale ma non videro nessuno. Ma d un tratto qualcosa li colpì: era metal sonic. Sonic saltò sul robot ma esso prese il riccio per caviglia, girò intorno e lo lanciò su una montagna frantumandola. Shadow allora prese il fucile e cominciò a sparare ma metal sonic si avvicinò, piegò la canna del fucile e prese Shadow per le braccia e lo lanciò in aria per poi salire con lui e colpirlo alla schiena facendolo atterrare sulla terra. Shadow si arrese e svenne nel buco creato dall impatto. Era rimasto solo Silver: Metal Sonic però sapeva che quello era il riccio più debole, quindi gli diede un pugno nello stomaco e con un calcio lo lanciò su una montagna e se ne andò contento del proprio lavoro.
